Tras finalizar su mandato en 1990, ejerció como directora regional del Instituto Colombiano de Bienestar Familiar en 1991 y regresó a la política apoyando a Leonor Serrano de Camargo en las elecciones para Gobernador de Cundinamarca en 1994.

En 2002 fue reelegida representante por el movimiento Colombia Siempre y en fórmula para el Senado con Leonor Serrano.

[5]​ Para la legislatura 2007-2008 le correspondió a su partido presidir el Senado por el pacto existente entre los miembros de la coalición de gobierno y luego de una contienda con el antioqueño Rubén Darío Quintero, el atlanticense Arturo Char Chaljub y el magdalenense Miguel Pinedo Vidal, Nancy Patricia Gutiérrez fue elegida para ocupar la presidencia del Senado desde el 20 de julio de 2007, día en que se formalizaría su elección y se convertiría en la tercera mujer que preside la cámara alta del Congreso colombiano (y de forma consecutiva).

La excongresista Nancy Patricia Gutiérrez se vio enfrentada a varias investigaciones ante la Corte Suprema de Justicia de la cual salió bien librada.

Las investigaciones buscaban determinar si Gutiérrez había tenido vínculos con alias "El Pájaro", paramilitar del departamento de Cundinamarca del cual es oriunda la congresista.

[7]​ Gutiérrez negó las acusaciones y habló de un complot en su contra.

El exparamilitar Luis Alberto Medina, quien afirmó que la exministra Nancy Patricia Gutiérrez tenía nexos con grupos paramilitares, fue condenado a prisión por falso testimonio y fraude procesal.