Además esta acusado de delitos sexuales[3] Es considerado el mayor violador del conflicto armado interno colombiano.
Durante esta época, la guerrilla de las FARC-EP empezó su influencia en la región con la formación del Bloque Caribe en 1982.
La agrupación también realizó numerosas 'limpiezas sociales' o asesinatos selectivos contra miembros de bandas delincuenciales.
En 1998 la Convivir fue cerrada por violaciones a los derechos humanos y declarada ilegal.
[2] Giraldo entonces creó las Autodefensas Campesinas del Magdalena y La Guajira (ACGM), con reclutas que el mismo mandaba a entrenar con las filas del Ejército y luego salían para integrarse a su ejército privado.
Las FARC-EP intentaron asesinarlo nuevamente en el 2000, enviando al Comandante guerrillero Solís Almeida.
Según el exdirector de informática del DAS, Rafael García, "Jorge Gnecco, apoyado por 'Jorge 40' y Hernán Giraldo, puso como candidato a la alcaldía de Santa Marta a su sobrino Hugo Gnecco que le entregó algunos puestos a políticos apoyados en el Frente Resistencia Tayrona", liderado por Hernán Giraldo y quien controlaba las rutas en la parte norte de la Sierra Nevada de Santa Marta, que colinda con el mar Caribe y los puertos de embarque por donde salía la cocaína hacia Estados Unidos y Europa.
Además del control de rutas, las AUC decían que "Gnecco dejó perder un cargamento de droga y tenía una deuda con 'Jorge 40'" y además que "Gnecco le vendía armas a la guerrilla".
[9] Ante la ofensiva del gobierno contra paramilitares ligados al narcotráfico, los Castaño pidieron a Giraldo que entregara a uno de sus hombres, el jefe militar de su ejército llamado Jairo Antonio Musso, alias "Pacho Musso" que era pedido por la justicia colombiana.
Cifras estimativas indican que Giraldo dejó unas 67 mil víctimas a lo largo de su carrera criminal.
La Fiscalía Novena de Justicia y Paz le imputó 695 casos criminales.