Fue condenado en seis causas por delitos de lesa humanidad cometidos durante la dictadura militar;[1] la primera, del año 2010, a 25 años de prisión[2] y al año siguiente otra a prisión perpetua.
Fue egresado del Colegio Militar como subteniente de infantería en la promoción 75.
El exfiscal Luis Moreno Ocampo afirmó que Bignone intentó condicionar el traspaso del poder con una serie de puntos que quiso imponer a los políticos por aquel entonces agrupados en la Multipartidaria: la no investigación de ilícitos figuró, junto a la no revisión de lo actuado en la lucha antiterrorista, como un pacto en ciernes que luego no cuajó.
Para entonces, el gobierno militar sufría un masivo desprestigio público y la situación económica había descalabrado visiblemente, con una deuda externa de 45 000 millones de dólares y reservas insuficientes en el Banco Central para sustentarla.
En este contexto, se consideraba poco probable que el gobierno militar lograra llegar a la fecha estipulada en enero.
[29] Luego de que entregó el poder, Bignone fue imputado en varias causas por los delitos cometidos durante la dictadura.
En el primer caso se le adjudicó la autoría por ser quien se encontraba encargado del Grupo de Tareas 1 (GT1) en 1978, y en el segundo por ser el encargado del Colegio Militar de la Nación.
[35][36] Cinco meses después, la Corte Suprema trasladó la causa por los dos conscriptos al fuero militar, por reclamo de Bignone.
[8] En 1989, el entonces presidente Carlos Saúl Menem dicta 4 decretos en donde se indulta a todos los jefes militares procesados que no habían sido beneficiados por las leyes de Punto Final y Obediencia Debida.
Después se ampliaría la denuncia para comprender también a algunos de los militares que habían sido juzgados en la Causa 13, como Jorge Rafael Videla y Emilio Eduardo Massera, así como a otros que no habían sido señalados en el escrito inicial, como Santiago Omar Riveros, Jorge Eduardo Acosta y Héctor Febres, entre otros.
La causa quedó radicada en el Juzgado Criminal y Correccional N° 7, a cargo del juez Adolfo Bagnasco.
Sin embargo, tanto la Cámara Federal como la Corte Suprema determinaron que esto no era así porque no se les imputaba genéricamente el haber urdido un plan de apropiación de niños, sino que se les endilgaban apropiaciones de niños concretas, para lo cual aquel plan habría sido un medio.
Asimismo, ambas cortes afirmaron que estos crímenes no se encontraban amparados en las leyes de impunidad por tratarse de un delito que seguía en curso porque los niños y niñas continuaban secuestrados.
En 1999, Bignone fue detenido por esta causa y el juez le otorgó el beneficio de la prisión domiciliaria alegando la elevada edad del acusado, 71 años.
En agosto del 2000, la Corte Suprema también determinó que el juicio debía realizarse en los juzgados civiles y no en los juzgados militares, donde los imputados reclamaban que se realice.
Luego, de varios días, otros detenidos que se encontraban junto a los que desaparecieron, fueron liberados en el despacho de Bignone, en ese momento a cargo del Colegio Militar y del centro clandestino de detención, quién les pidió disculpas por haber sido «erróneamente torturados» y los licenció hasta la baja.
[41] El propio Bignone admitió ante terceras personas que la desaparición de dichos soldados fue debida a un error de información y afirmó que «en toda guerra siempre hay víctimas inocentes».
[37] Cinco meses después, el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas sobreseyó a todos los implicados en los secuestros.
Debido a la cantidad de delitos, la Megacausa se dividió en varios juicios.
Se agregaron al juicio imputaciones contra algunos apropiadores, que habían sido instruidas en procesos separados: Juan Antonio Azic, por la apropiación de Victoria Donda Pérez; Víctor Alejandro Gallo e Inés Susana Colombo, por la apropiación de Francisco Madariaga Quintela; el médico Jorge Luis Magnacco, por su intervención en el caso de Javier Gonzalo Penino Viñas; y Eduardo Ruffo, por su intervención en el caso de Simón Gatti Méndez.
En el juicio se tratan en forma paralela, tres causas sobre el Plan Cóndor y una sobre el centro clandestino de detención Automotores Orletti.
Entre los represores sentados en el banquillo se encontraban, además de Bignone, Jorge Rafael Videla, Cristino Nicolaides, Luciano Benjamín Menéndez, Albano Harguindeguy, Antonio Domingo Bussi, Santiago Omar Riveros, Jorge Olivera Róvere, Bernardo José Menéndez, Hugo Pascarelli, Eugenio Guañabens Perelló, Ernesto Alais, Antonio Vañek, Carlos Landoni, Juan Pablo Saá, Ramón Genaro Díaz Bessone, Carlos Tragant, Eduardo De Lío y Carlos Caggiano Tedesco.