Representando a la Armada Argentina, asumió el poder tras la guerra de las Malvinas y lo entregó al gobierno constitucional presidido por Raúl Alfonsín.

[11]​ Los integrantes de la última Junta militar no fueron procesados en 1985 en el Juicio a las Juntas ya que no estaban incluidos en el decreto del presidente Alfonsín que ordenó la promoción del juicio,[12]​ pero han sido enjuiciados por la firma del llamado Documento Final sobre la Lucha contra la Subversión y el Terrorismo y la sanción de una ley de autoamnistía, debido a que ello habría significado el encubrimiento del secuestro de niños.

[13]​ En 1997 el juez español Baltasar Garzón solicitó la detención y extradición de 45 militares argentinos, entre ellos Rubén Franco, y un civil a quienes procesó por genocidio, terrorismo de Estado y torturas a presos políticos durante el régimen de facto que gobernó en Argentina entre 1976 y 1983,[14]​ pero el pedido fue rechazado varias veces por el gobierno argentino alegando el principio de territorialidad.

Con posterioridad, el almirante (R) Rubén Franco también fue enjuiciado por otros delitos relacionados con la apropiación de menores durante el Proceso de Reorganización Nacional, estos crímenes no estaban alcanzados por los indultos.

Estos delitos son agravados por su condición de funcionario público.