Estaba casado con Juana Regina Villafañe, con quien tuvo sus cinco hijos: Patricia, Cecilia, Guillermo, Eduardo y Mariana.
[7] Bajo la órbita del Ministerio del Interior funcionaba la Policía Federal, la cual operó los centros clandestinos de detención conocidos como «El Club Atlético», el Garaje Azopardo, «El Olimpo» (en la División Automotores)[8] y la Superintendencia de Seguridad Federal.
[11] Dicho ministerio sería disuelto y sustituido por una secretaría el 14 de diciembre del mismo año.
[12] Cuando Jorge Rafael Videla estaba por dejar el poder, Harguindeguy aspiró a ser presidente de facto.
[13] Durante la presidencia de Raúl Alfonsín, Harguindeguy fue juzgado por el decreto 2840 donde se puso disposición del Poder Ejecutivo a los empresarios Federico y Miguel Gutheim, quienes permanecieron encarcelados hasta abril de 1977, un hecho considerado luego como un secuestro debido a que buscó presionarlos para que su empresa algodonera realizara un contrato de exportación con Hong Kong.
[14][15] Harguindeguy se encontraba procesado con prisión preventiva confirmada por la Cámara Federal por este hecho, pero se vio beneficiado por el indulto del Presidente Carlos Menem en 1989, junto con otros militares que participaron en la represión entre 1976 y 1983.