Sin embargo no había un instituto de formación superior que les brindase a aquellos los conocimientos necesarios para convertirse en integrante del Estado Mayor y, finalmente, alcanzar las más altas jerarquías militares.
Los cambios tecnológicos en materia bélica repercutieron directamente sobre las tácticas y estrategias aplicables y por tanto la organización de los Ejércitos se profesionalizó, surgiendo las Escuelas de Estado Mayor.
También eran alemanes algunos de sus primeros profesores, Rolf Kornatzki, Jorge Felgenhaner y Beltrán Schunck.
Los cursos iniciales eran originalmente de dos años pero más tarde fueron elevados a tres.
Su primera sede estuvo ubicada en Corrientes 439, posteriormente en Santa Fe 2639 y en 1904, pasó a Dorrego 2640.
En 1930 se inició la construcción de su actual sede, ubicada en Luis María Campos 480, siendo trasladado allí en 1939.
El oficial jefe cursaba la Escuela Superior de Guerra y se disponía a tomar el autobús para arribar al instituto.