En diciembre del 2014 se creó la Universidad por ley nacional aprobada en el Congreso de la Nación, y promulgada por el Poder Ejecutivo.

En febrero del 2016, se publicó una nota crítica a la creación de la UNDEF y su funcionamiento en Infobae.

[6]​ En ella se critica que hasta ese momento la universidad no tenía presupuesto propio ni funciones claras.

Esta confrontación directa entre Escuela/Facultad, y Director/Decano, llevó a su punto culmine cuando el Director Dr. Julio César Augusto Spota, anunciara la creación de la Maestría en Defensa Nacional, programada para abril de 2016, superponiéndose a la Maestría en Defensa Nacional que la UNDEF dictaba, en el ciclo 2016, desde marzo.

Luego acontecieron naturales ordenamientos académico-administrativos, que tuvieron en favor a la UNDEF, incorporando espacios, oficinas y empleados.

[10]​ La SIGEN desarrolló una detallada auditoría en la que señaló estas irregularidades, y el Ministerio de Defensa prometió realizar la propia.

En su planificación general, la ESCOUNDEF se desarrolló en sedes ubicadas en distintos puntos de la Argentina, involucrando a las tres Fuerzas Armadas y poniendo a disposición de la sociedad civil recursos humanos altamente calificados, infraestructura edilicia y una amplia distribución geográfica.

Comparten el espacio las oficinas del Rectorado y la FADENA, ya que éste el antiguo edificio de la EDENA.

Ing. Julio César Martínez Esteban Bullrich Oscar Raúl Aguad Beily Alejandro Finocchiaro Jorge Taiana Jaime Perzcyk La UNDEF cuenta con cuatro Secretarías y dos Subsecretarías.