La mayor parte del archipiélago conforma el municipio de San Antonio de Apipé, excepto las islas Apipé Chico, San Martín y todas las ubicadas sobre el riacho Apipé Chico y el brazo principal del Paraná en torno a Apipé Chico, que integran el municipio de Ituzaingó y son colectivamente conocidas como islas de Ituzaingó.
La represa hidroeléctrica de Yacyretá-Apipé, que inició sus operaciones en 1994, se halla a 2200 m al norte del extremo este de Apipé Grande (punta Aguirre), aguas arriba del río Paraná y frente a San Antonio.
La administración de la reserva es efectuada por la Fundación Ecológica Corrientes Siglo XXI y por el gobierno provincial en convenio con la Entidad Binacional Yacyretá.
El brazo principal del río Paraná, que porta el límite internacional de aguas, corre por el lado sur del archipiélago muy cerca de la costa argentina, y frente a la ciudad de Ituzaingó se le desprenden los brazos denominados riacho Apipé Grande (o riacho Pucú) y riacho Apipé Chico.
El segundo separa las islas Apipé Chico y San Martín, incluyendo la isla Rivadavia, otra isla en el extremo suroeste de San Martín, y 3 bancos de arena.
Sobre el brazo principal del río Paraná e inmediato a la isla San Martín existe una isla, mientras que en el mismo brazo y al sur de la isla Apipé Chico se hallan las islas Sarmiento, Guapurú, dos islotes, y dos islas casi unidas al extremo oeste de Apipé Chico.
Las islas contienen esteros y anegadizos con surcos de antiguos canales, destacando en el interior de Apipé Grande las lagunas Cambá Cué (1000 ha) y Hermosa (300 ha).
En Apipé Chico existen algunos senderos que comunican algunas propiedades en el este de la isla y con la escuela primaria.
En San Antonio y en Colonia Uriburo (Puerto Vizcaíno) hay destacamentos de la Prefectura Naval Argentina que realizan el control migratorio.
Para satisfacerlo el cabildo indio de Itatí y los caciques aceptaron donar la isla a la Real Hacienda, que pasó a propiedad de Liniers.
En los meses siguientes Paraguay ocupó también la costa adyacente hasta la Tranquera de Loreto.
En octubre de 1865 la isla Apipé fue desalojada por Paraguay retornando a la posesión correntina.
Ese año el gobernador Valentín Virasoro inauguró la colonia, estableciéndose un destacamento policial que prohibió la tala de árboles.
Mientras que las islas —excepto las ya adjudicadas: Cerrito, Apipé, y Yacyretá— debían adjudicarse al país del que se hallasen más cercanas, pero su adjudicación permaneció sin definirse hasta las últimas décadas del siglo XX, aunque Argentina preparó proyectos en 1919 y 1924 que no prosperaron.