[1] Tras instalarse en Viena siguió hablando el idioma que le era más natural, el castellano.
Durante su reinado se fue fraguando un profundo conflicto religioso a causa del creciente descontento de los estamentos checos ante esa re-catolización forzada.
De esta manera, el objetivo era reunificar el reino, aunque por un lado la nobleza húngara deseaba hacerlo bajo la figura del Príncipe transilvano y los germánicos preferían hacerlo bajo la figura de los Habsburgo.
Esto generó cada vez más conflictos entre las dos partes, que en efecto querían también expulsar a los turcos de Europa, y así décadas más tarde Rodolfo II se vio forzado a hacer frente a una crisis en el Principado de Transilvania, la cual, conjugada con los enfrentamientos con el Imperio otomano, provocó la llamada guerra de los Quince Años (1591-1606).
Bocskai luchaba por conseguir la independencia del reino húngaro respecto a la corona Habsburgo.
Asimismo protegió las ciencias, tanto experimentales (astronomía, botánica o matemáticas) como especulativas (alquimia, astrología o magia): bajo su reinado fueron nombrados Matemáticos Imperiales el danés Tycho Brahe (quien instaló en el castillo de Benatek, cerca de Praga, su observatorio desde 1599 hasta su fallecimiento en 1601) y el alemán Johannes Kepler (1601-1612): este último publicaría las famosas tablas astronómicas 'Tabulae Rudophinae' (Tablas Rudolfinas, 1627), basadas por completo en el trabajo observacional de Brahe y llamadas así en honor del emperador.
El filósofo errante Giordano Bruno —condenado por la Inquisición a morir en la hoguera en 1600— también gozó del favor del emperador durante su breve estancia en Praga en 1588, recompensado por este con trescientos táleros por sus Articuli adversus mathematicos.