Muertos sus progenitores, fue recogida y protegida en palacio por sus tíos el emperador Matías, sucesor de su padre en el trono del Sacro Romano Imperio y su esposa Ana del Tirol.

En su confirmación y en claro homenaje a su protectora tomó también el nombre de Ana.

Antes de iniciar el viaje, el emperador la había mandado llamar para que volviese a habitar en palacio.

La comitiva partió del puerto de Génova en tres galeras con dirección a las costas españolas.

En el momento en que ya se encontraban cercanos a la costa fueron atacados por una escuadra otomana comandada por gentes de Biserta y posteriormente ya cerca de Barcelona, por una tempestad consiguiendo Ana Dorotea escapar milagrosamente al naufragio de la galera principal, llegando a Barcelona.

[12]​ Así el convento continuo acogiendo y protegiendo a otros miembros de la familia.