Sus abuelos paternos eran el emperador Fernando I y Ana de Bohemia y Hungría, y sus abuelos maternos el duque Alberto V de Baviera y la archiduquesa Ana de Austria (esta última, hermana mayor de Carlos II de Estiria, su padre).

Entre sus muchos hermanos destacaban Fernando II de Habsburgo, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico y Margarita de Austria, reina de España.

Y a su vez fue tío también del emperador Fernando III de Habsburgo y del rey Felipe IV de España.

En sus últimos años fue coabjuntor de la Orden Teutónica la cual estaba dirigida por su tío el archiduque Maximiliano III de Austria.

Aunque nunca se casó ni tuvo descendencia, tuvo un hijo ilegítimo el cual falleció en su juventud.