La división territorial temporal entre los regímenes rivales de Juan I y Fernando I sólo se produjo en 1538 en el Tratado de Nagyvárad,[12]​ cuando los Habsburgo obtuvieron las partes norte y oeste del país (Hungría Real), con la nueva capital Pressburg (Pozsony, actual Bratislava).

Durante las guerras otomanas, el territorio del antiguo Reino de Hungría se redujo en torno a un 70%; a pesar de estas enormes pérdidas territoriales y demográficas, la pequeña Hungría Real, fuertemente castigada por la guerra, siguió siendo económicamente más importante que Austria o el Reino de Bohemia incluso a finales del siglo XVI.

Los territorios centrales del reino húngaro medieval fueron anexionados por el Imperio Otomano durante 150 años.

El Principado de Transilvania estaba normalmente bajo la soberanía del Imperio Otomano, sin embargo, a menudo tenía doble vasallaje -sultanes turcos otomanos y los reyes húngaros de los Habsburgo- en los siglos XVI y XVII.

[19]​ Protestantes, perseguidos en la Hungría Real,[18]​ consideraban, sin embargo, la Contrarreforma una amenaza mayor que los turcos.

En la Hungría Real el catolicismo se mantuvo con gran fortaleza y, si bien los predicadores protestantes eran comunes, la influencia del rey Habsburgo no permitía su predominancia.

Sin embargo, rara vez los turcos se entrometieron en las disputas religiosas entre las dos facciones, conformándose con que los cristianos pagasen el tributo al sultán.

Dávid se volvió un gran defensor del antitrinitarismo, es decir, no aceptaba la existencia de la Santísima Trinidad; introdujo así el unitarismo en Transilvania y agregó una confesión religiosa más al mosaico de ese momento.

[23]​ La Reforma provocó desavenencias entre los católicos, que a menudo se ponían del lado de los Habsburgo,[23]​ y los protestantes, que desarrollaron una fuerte identidad nacional y se convirtieron en rebeldes a los ojos de Austria.

[cita requerida] En la Dieta de la "Hungría Real" en Presburgo, en 1687, el Emperador prometió observar todas las leyes y privilegios.

Los nobles protestantes y todos los demás húngaros considerados desleales por los Habsburgo perdieron sus propiedades, que fueron entregadas a los extranjeros.

En Transilvania, que volvió a formar parte de Hungría a finales del siglo XVII[24]​ (como provincia, llamada "Principado de Transilvania" con la Dieta con sede en Gyulafehérvár), el pueblo se unió bajo Francisco II Rákóczi, un magnate católico.

Esperaba que la Pragmática Sanción mantuviera intacto el Imperio de los Habsburgo si su hija, María Teresa, le sucedía.

La Dieta aprobó la Pragmática Sanción en 1723, y Hungría aceptó así convertirse en una monarquía hereditaria bajo los Habsburgo mientras existiera su dinastía.

En 1741 se presentó ante la Dieta de Presburgo con su hijo recién nacido en brazos y suplicó a los nobles húngaros que la apoyaran.

En la primera mitad del siglo XVIII, Hungría tenía una economía agrícola que empleaba al 90% de la población.

Los húngaros percibieron la reforma lingüística de José como una hegemonía cultural alemana, y reaccionaron insistiendo en el derecho a utilizar su propia lengua.

A finales de su reinado, José dirigió una costosa guerra austro-turca (1787-1791) que debilitó su imperio.

El absolutismo ilustrado terminó en Hungría bajo el sucesor de Leopoldo, Francisco II (gobernó entre 1792 y 1835), que desarrolló una aversión casi anormal al cambio, lo que llevó a Hungría a décadas de estancamiento político.

En 1795, la policía húngara arrestó a Ignác Martinovics y a varios de los principales pensadores del país por planear una revolución de tipo jacobino para instalar un sistema político radicalmente democrático e igualitario en Hungría.

Esto se demostró especialmente en el estatus del Reino de Hungría, cuyos asuntos siguieron siendo administrados por sus propias instituciones (Rey y Dieta) como lo habían sido bajo la monarquía compuesta, en la que siempre se había considerado un Reino separado.

Se desbrozaron nuevas tierras y los rendimientos aumentaron al mejorar los métodos de cultivo.

A medida que aumentaban las expectativas, bienes como el lino y la plata, antes considerados lujos, se convirtieron en necesidades.

Szechenyi pedía una revolución económica y argumentaba que sólo los magnates eran capaces de llevar a cabo las reformas.

En 1844 se promulgó una ley que convertía el húngaro en la lengua oficial exclusiva del país.

Francisco José dividió el país en cuatro territorios distintos: Hungría, Transilvania, Croacia-Eslavonia y Voivodina.

Las minorías no magiares de Hungría recibieron poco por su apoyo a Austria durante los disturbios.

Al parecer, un croata le dijo a un húngaro: "Recibimos como recompensa lo que los magiares obtuvieron como castigo".

Mientras Austria gobernara de forma absoluta, argumentaba Deak, los húngaros no debían hacer más que resistirse pasivamente a las exigencias ilegales.

En 1866, los prusianos derrotaron a los austriacos, subrayando aún más la debilidad del Imperio de los Habsburgo.