Su hermano Valentin Haüy (1745-1822) fue el fundador de la primera escuela para invidentes.
Arrestado y encarcelado en agosto de 1792 en su condición de sacerdote refractario al nuevo régimen político, su vida corrió serio peligro hasta que el naturalista Étienne Geoffroy Saint-Hilaire (uno de sus antiguos alumnos) intercedió enérgicamente en su favor (en principio, Haüy se negaba a abandonar la prisión hasta que no se liberase al resto de sacerdotes presos, que fueron masacrados unos días después).
Es su asistente, el naturalista Alexandre Brongniart, quien desempeñará la mayor parte de esta última función.
Privado de su trabajo, debió pasar sus últimos días sumido en la pobreza, aunque el coraje y las altas cualidades morales que le habían ayudado en su juventud no le abandonaron en su vejez; y vivió sin rencor y siendo respetado hasta su muerte (provocada por una caída en su habitación) acaecida en París en el año 1822.
Está enterrado con su hermano Valentin Haüy en el Cementerio del Père-Lachaise de París.