Mientras que otras academias se centraban en unos pocos temas, la Academia prusiana fue la primera en atender tanto a las ciencias como a las humanidades.

Una obligación derivada del nuevo estatuto fueron las convocatorias públicas sobre ideas para problemas científicos sin resolver, con un premio económico para las soluciones.

La academia consiguió sus propios centros de investigación en el siglo XVIII: un observatorio en 1709, un teatro de anatomía en 1717, un Collegium medico-chirurgicum en 1723, un jardín botánico en 1718 y un laboratorio en 1753.

Durante la Alemania nazi (1933-1945), la academia fue sometida al Gleichschaltung o control totalitario: los miembros y empleados judíos fueron expulsados.

Con la Medalla Helmholtz, la Academia honra los logros de toda una vida en las áreas de humanidades, ciencias sociales, matemáticas, ciencias naturales, biología, medicina e ingeniería.