Existían en esta época veintitrés daimyō en las fronteras de las tierras pertenecientes a los Tokugawa, los cuales estaban directamente relacionados con Ieyasu.
La segunda posición en la jerarquía la constituían los fudai, los cuales habían sido recompensados con tierras cercanas a los dominios de los Tokugawa por sus leales servicios.
El emperador únicamente daba su aprobación como última opción en los asuntos políticos del país; sin embargo, los Tokugawa colaboraron a que la familia imperial recobrara sus días de gloria reconstruyendo sus palacios y asegurándole el disfrute de nuevas tierras.
Los que anteriormente habían sido feudos militares se transformaron en unidades de administración local.
[6] Mediante una serie de decretos emitidos entre 1633 y 1639, el país se aisló del exterior.
La Rebelión Shimabara de 1637-1638, en la que samuráis católicos y campesinos se rebelaron en contra de sus gobiernos feudales y del gobierno central, fue reprimida, lo que obligó a los Kakure Kirishitan a profesar su fe secretamente.
Tan solo a China, la Compañía Neerlandesa de las Indias Orientales y por un breve periodo a los ingleses se les permitió visitar Japón durante este periodo, solo con fines comerciales y con acceso restringido solo al puerto de Dejima en Nagasaki.
Otros europeos que arribaban a costas japonesas eran ejecutados sin juicio de por medio.
Creó un equilibrio en el poder que permaneció relativamente estable por los siguientes 250 años, influenciado por los principios del confucionismo de orden social.
Fuera de estas cuatro clases sociales estaban los llamados eta y los hinin, cuyas profesiones rompían los esquemas del budismo.
[13] Estos controlaban tierras que producían unos siete millones de koku (cuatro y medio el propio clan shogunal y el resto sus coligados), aproximadamente la cuarta parte de la producción agrícola nacional.
[18] Además de mejorar la producción del arroz, fundamental en el Japón, se incrementó también el cultivo de otras plantas: otros cereales (trigo, soja, mijo...), morera, té, índigo, lino, tabaco, uvas, mandarinas, calabazas, patatas o zanahorias.
[20] La producción de esta nueva planta se concentró en Kinai, región que ostentaba la primacía económica del imperio.
[10] Hasta el siglo XIX, Edo no produjo en cantidades suficientes como para abastecerse o enviar productos a otras comarcas.
[25] Para unir las dos ciudades se extendió la navegación de cabotaje, pues era más sencillo transportar las mercancías a larga distancia por mar que por tierra.
[11] En el siglo XVII se establecieron cuatro rutas marítimas principales: Osaka-Edo, Kyushu-Osaka, Hokkaidō-Honshū y Tōhoku-Edo.
Para el siglo XVIII Japón desarrolló conocimientos científicos específicos de silvicultura y forestación.
También existió un gran desarrollo de las matemáticas, en una corriente totalmente independiente a la del mundo occidental.
En nuevo estilo de vida llamado chōnindō surgió en ciudades como Osaka, Kioto y Edo, el cual aspiraba a alcanzar las cualidades del bushido como la diligencia, honestidad, honor, lealtad y frugalidad.
El budismo mezclado con neoconfucionismo proveyeron de estándares de comportamiento social y, aunque ya no contaban con la misma fuerza política que en el pasado, este era promovido y practicado por las clases superiores.
El ideal gubernamental de una sociedad agraria falló, ya que no era compatible ni realista con la nueva distribución comercial.
Aunque los japoneses hicieron una serie de pequeñas concesiones y permitieron algunos desembarcos, lo que intentaban era mantener fuera del país a los extranjeros en su totalidad.
Algunos consejeros del shogun creían que la solución residía en el regreso al espíritu marcial, imponer más restricciones al comercio extranjero, suprimir el rangaku, censurar la literatura y eliminar los «lujos» del gobierno y de la clase samurái.
Un tratado comercial con el que se buscaba abrir más zonas de comercio fue forzado cinco años después.
Debates sobre las políticas del gobierno no eran inusuales y habían generado una fuerte crítica en el bafuku.
Masahiro comenzó entonces a buscar el apoyo de nuevos aliados por lo que realizó distintos consensos con los fudai, los shinpan y los tozama.
La oposición hacia Masahiro aumentó entre los círculos fudai, los cuales se oponían a abrir los consejos del bakufu a los daimyō tozama, por lo que fue reemplazado de su puesto y en 1855 fue nombrado presidente del consejo de Hotta Nariaki.
Una escuela naval se estableció en Nagasaki en 1855 y gran número de estudiantes fueron enviados a otros países durante varios años para su capacitación, comenzando una tradición de futuros líderes educados en el exterior, como en el caso del Almirante Enomoto Tateaki.
Se estableció además una misión militar francesa para que modernizara el ejército del shōgun.
Tokugawa Yoshinobu aceptó el plan a finales de 1867 y renunció, anunciando la «restauración imperial».