Cuando Mathew Perry llegó con su flota a las costas japonesas, Yoshida intentó ponerse en contacto con él a través de una carta.

Posteriormente intentó junto a un amigo acceder en secreto a uno de los barcos del oficial norteamericano, pero fueron rechazados por los integrantes del navío.

Poco después fue arrestado por las tropas leales al Bakufu.

Al fracasar la misma, fue encarcelado de nuevo en Chōshū.

Algunos de sus discípulos, como Takasugi Shinsaku e Itō Hirobumi fueron muy conocidos posteriormente, y casi todos los sobrevivientes del grupo formado por Yoshida Shōin tomaron parte activa en la Restauración Meiji.