Rebelión de Shimabara

[5]​ Aunque muchos historiadores piensan que la rebelión tenía fines religiosos, no contemplan el descontento en los habitantes por los aumentos excesivos en los impuestos ni la hambruna sufrida en la región.Shimabara fue alguna vez dominio de la familia Arima, que habían sido cristianos; como resultado, muchos habitantes también lo eran.[6]​ El nuevo señor, Matsukura Shigemasa, tenía aspiraciones de avanzar en la jerarquía del shogunato, por lo que se involucró en diversos proyectos de construcción incluyendo la construcción y ampliación del castillo Edo, así como en la invasión planeada a Luzón.Amakusa Shirō, un carismático muchacho de dieciséis años, fue escogido como el líder del movimiento.Las fuerzas rebeldes cruzaron el Mar Ariake y asediaron por un breve tiempo el castillo Shimabara de Matsukura Katsuie pero fueron repelidos nuevamente.En este punto las rebeldes se reunieron en el castillo Hara que había sido desmantelado anteriormente.Más tropas bajo el mando del sustituto de Itakura, Matsudaira Nobutsuna, llegaron rápidamente al lugar.A pesar de esta pequeña victoria, lentamente se fueron quedando sin comida, municiones y provisiones.Para abril de 1638 había 27 000 rebeldes luchando contra 125 000 soldados al mando del shogun.[18]​ Algunos rebeldes desesperados intentaron un asalto en contra del ejército el 4 de abril pero fueron obligados a retirarse.[15]​ Los rebeldes continuaron la Resistencia ocasionando grandes bajas al ejército hasta que fueron vencidos finalmente el 15 de abril.[19]​ El shogunato sospechó que católicos occidentales se habían involucrado en la conjura y esparcimiento de la rebelión por lo que comerciantes portugueses y españoles fueron expulsados del país en 1638, solo permitieron el comercio con los neerlandeses en la isla de Dejima.