Muneshige fue hijo de Takahashi Shigetane.

Después de derrotar al clan Shimazu en 1587, recibió un feudo valuado en 132.000 koku, convirtiéndose de esta forma en daimyō.

Posteriormente bajo las órdenes de Toyotomi Hideyoshi participó durante las invasiones japonesas a Corea, donde formó parte de la sexta división comandada por Kobayakawa Takakage.

Después de la muerte de Hideyoshi, Muneshige se alió con Ishida Mitsunari, quien se opuso a Tokugawa Ieyasu durante la Batalla de Sekigahara en el año 1600.

Posteriormente participó durante la Rebelión Shimabara auxiliando al shogunato Tokugawa y falleció finalmente en 1642.