Los japoneses no aceptaron este argumento y pidieron que se castigase a los "bárbaros en Taiwán".
Ambos gobiernos enviaron representantes a Taiwán para iniciar la transición, que debía durar no más de dos meses.
Durante este período, la resistencia popular a la dominación japonesa fue alta, y el mundo se preguntó si una nación no occidental como Japón podía gobernar de manera efectiva una colonia propia.
Todo ello contrastaba fuertemente con el enfoque de las administraciones anteriores, donde las preocupaciones del gobierno solo habían sido "los ferrocarriles, las vacunas, y el agua corriente".
[7] En su primera versión, el gobierno colonial se componía de tres departamentos: Interior, Ejército y Marina.
Los gobernadores generales de la primera época militar fueron Kabayama Sukenori, Katsura Tarō, Nogi Maresuke, Kodama Gentarō, Sakuma Samata, Ando Sadami, y Akashi Motojiro.
El período civil coincidió con la democracia Taishō en Japón, y los gobernadores generales de este período fueron en su mayoría nombrados por la Dieta de Japón: fueron Den Kenjirō, Uchida Kakichi, Izawa Takio, Kamiyama Mitsunoshin, Kawamura Takeji, Ishizuka Eizō, Ōta Masahiro, Minami Hiroshi, y Nakagawa Kenzō.
En esta etapa, el gobierno colonial dedicó la mayor parte de sus recursos al desarrollo económico y social, más que a la represión militar.
El año siguiente, además, cerca de 200 Seediq confinados en una reserva por haber participado en la rebelión fueron asesinados por tribus projaponesas, en lo que se denominó «segundo Incidente Wushe».
Mientras que el activismo local desempeñó ciertamente un papel, la mayoría de los cambios sociales, económicos y culturales durante este periodo fue impulsada por tecnócratas del gobierno colonial.
Durante estos dos períodos, la política económica primordial del Gobierno de la Colonia fue «industria para Japón, agricultura para Taiwán».
La presa y sus alrededores, conocidos hoy como Sun Moon Lake (Nichigetsutan), se han convertido en cita obligada para los turistas extranjeros que visitan Taiwán.
En junio del año siguiente, el Gobernador General concedió el permiso para que el banco estableciese el primer sistema bancario de estilo occidental en Taiwán.
Se establecieron criterios para la selección de maestros y varias escuelas para su formación, como la Taihoku Normal School.
De acuerdo con los líderes locales, el gobierno colonial lanzó una campaña en 1901, y la práctica fue oficialmente prohibida en 1915, con los infractores sujetos a un duro castigo.
Se pusieron en marcha campañas sociales en contra del uso de las coletas, aunque no hubo leyes o decretos sobre el tema.
La integración de los aborígenes se aceleró durante la Segunda Guerra Mundial, pues resultaron ser los más audaces soldados que el imperio jamás hubo producido.
Se pensó que, utilizada correctamente, la religión podría acelerar la integración de los taiwaneses en la sociedad japonesa.
Después de 1915, la resistencia armada contra el gobierno colonial japonés casi cesó, y en su lugar surgieron movimientos sociales espontáneos.
Aunque pueda parecer simple, en realidad esto fue toda una revolución hecha posible por los movimientos políticos y sociales.
Los japoneses trajeron un nuevo sistema educativo que introdujo la enseñanza del arte occidental y japonés, lo que sentó las bases para el futuro desarrollo de la apreciación del arte en Taiwán, y produjo varios artistas famosos.
Esta figura del narrador es muy distinta de su equivalente en el mundo occidental, y rápidamente se convirtió en un star-system, hasta el punto de que la gente iba a ver la misma película narrada por diferentes benshi, que podían convertir un romance en comedia o en drama, según su estilo y sus habilidades.
La primera película hecha en Taiwán fue un documental producido en 1907 por Takamatsu Toyojiro y realizado por un grupo de fotógrafos que viajaron por la isla.
En 1908, el empresario japonés Takamatsu Toyojiro se estableció en Taiwán y empezó a construir salas de cine en las principales ciudades.
El primer gran éxito de la canción popular en Taiwán llegó con la película china, Peach Blossom Weeps Tears of Blood conocida como «La chica melocotón», producida por Lianhua Productions, protagonizada por Ruan Lingyu y proyectada en cines de Taiwán en 1932.
El béisbol fue traído a Taiwán por los japoneses y hoy en día sigue siendo el deporte más popular en ambos países.
El béisbol se convirtió en un deporte tan generalizado que, en la década de 1930, casi todas las escuelas tenían su propio equipo.
Como resultado, el uso del término «retrocesión de Taiwán» (台灣光復, Táiwān guāngfù) es menos común actualmente en la isla.
Poco después, la comisión presentó sus conclusiones sobre la economía, la política, la sociedad, y los asuntos militares de Taiwán al Generalísimo Chiang Kai-shek.
Ese mismo día, el gobierno del Kuomintang chino en Taiwán comenzó a funcionar en el edificio que ahora alberga el Yuan Ejecutivo.