[1] En el canal entre las islas Penghu y Taiwán se ha hallado una concentración de fósiles de vertebrados, incluida una mandíbula parcial denominada Penghu 1, aparentemente perteneciente a una especie hasta ahora desconocida del género Homo'.[2] Las pruebas más antiguas de la presencia humana moderna en Taiwán consisten en tres fragmentos craneales y un diente molar encontrados en Chouqu y Gangzilin, en el Distrito de Zuojhen, Tainan.[10] También hay referencias en textos chinos y tradiciones orales aborígenes taiwanesas a pigmeos en la isla en algún momento del pasado.[11] Alrededor del 3.000 a. C., apareció abruptamente la cultura Dapenkeng neolítica, que se extendió rápidamente por la costa de la isla.[19] Los primeros artefactos metálicos eran artículos de comercio, pero hacia el año 400 d. C. ya se producía hierro forjado localmente utilizando bloomeries, una tecnología posiblemente introducida desde Filipinas.[22] El Libro de Sui relata que el Emperador Yang de la dinastía Sui envió tres expediciones a un lugar llamado Liuqiu a principios del siglo VII.El Liuqiu descrito por el Libro de Sui tenía cerdos y gallinas, pero no vacas, ovejas, burros ni caballos.[21] Más tarde, el nombre Liuqiu (cuyos caracteres se leen en japonés como "Ryukyu") se refería a la cadena de islas al noreste de Taiwán, pero algunos estudiosos creen que pudo referirse a Taiwán en el periodo Sui.Tras la muerte de tres soldados, la delegación se retiró inmediatamente a Quanzhou en China.[26] A principios del siglo XVI, cada vez más pescadores, comerciantes y piratas chinos visitaban el suroeste de la isla.Los chinos que comerciaban en el Sudeste Asiático también empezaron a tomar el rumbo de la brújula del Mar del Este (dongyang zhenlu) que pasaba por el suroeste y el sur de Taiwán.Se marcharon a Penghu tras ser atacados por los nativos y la armada Ming los desalojó de sus bases.Sin embargo, estas licencias no hacían más que reconocer el comercio ilegal ya existente en estos lugares.La población fluctuaba a lo largo del año y alcanzaba su máximo en invierno.El más grande estaba situado en una isla que formaba la bahía de Tayouan.El pueblo más pequeño estaba situado en tierra firme y acabaría convirtiéndose en la ciudad de Tainan.A principios del siglo XVII, un chino lo describió como habitado por piratas y pescadores.Los pueblos originales austronesios nunca llegaron a desarrollar la escritura, por lo que se sabe poco del tipo de sociedad que existía en Taiwán hasta la llegada de las potencias extranjeras en el siglo XVII, cuando los japoneses se interesaron por la isla, si bien no lograrían conquistarla.Koxinga y sus descendientes crearon el independiente Reino de Tungning, pero desgastaron su poder intentando reconquistar para los Ming la China continental, y terminarían rindiéndose en 1683 a la dinastía manchú Qing quedando así pues Taiwán en poder de China por primera vez.El hecho de que el estado ubicado en Taiwán sea oficialmente la República de China, el antiguo régimen político chino hasta 1949, ha dado lugar a una compleja situación política y diplomática.
Mapa de Taiwán con las colonias españolas (en verde) y holandesas (en rosa) en el siglo XVII
