Sin embargo, el propio Shi Lang, gran conocedor de Taiwán, convenció al emperador Kangxi para que el imperio Qing anexionara la isla.

Ese año se dividió en dos prefecturas, que abarcaban un total de doce distritos.

Los enfrentamientos comerciales y bélicos con las potencias europeas en las guerras del Opio llevaron a la apertura de varios puertos taiwaneses al comercio internacional.

Además, Japón dio muestras de su interés por controlar la isla.

La posibilidad de perder el control sobre la isla alarmó a las autoridades Qing, que decidieron reforzar el control chino sobre la isla dando a Taiwán el rango de provincia en octubre de 1885, en medio del enfrentamiento bélico entre China y Francia durante la segunda guerra del Opio.