Actuando bajo la autoridad de la nueva República, las tropas chinas podrían resistir a los japoneses en Taiwán sin técnico incumplimiento de las disposiciones del tratado, y si tuvieron éxito Taiwán podría volver a China en una fecha futura.

(A este respecto, fue significativo que la República nominalmente independiente reconociera la soberanía de China.)

Los japoneses habían pensado originalmente en desembarcar en Tamsui, pero encontrar la ciudad defendió cambiado sus planes en el último momento.

la principal batalla tomó lugar alrededor de la batería Shih-ch'iu-ling (chino tradicional: 獅球嶺砲台).

Ahora, en 1895, los japoneses rodearon la guarnición de la fortaleza y capturaron el fuerte con pocas pérdidas.

Japón y China estuvieron representados en este acto por dos plenipotenciarios, el Gobernador General Kabayama para Japón y Li Ching-fang, el hijo adoptivo de Li Hung-chang, para China.

Su partida se retrasó por un día a causa de los desórdenes en Tamsui (véase más adelante).

Las tropas japonesas entraron por primera vez en Taipéi en la madrugada del 7 de junio, y durante los siguientes dos días dejó los disturbios.

Ahora estaba efectivamente desarmada antes de que se hubiese disparado un tiro a los japoneses.

Tenían poco estómago para la lucha contra los japoneses, y no hizo ningún intento para derrotarlos, cuando se resistió.

James Davidson, que había visto sus cualidades por sí mismo en Keelung, Taipéi, Hsinchu y Tamsui, fue mordaz en sus críticas a su desempeño: Las tropas chinas equipados con armas de buena o mala, sin procedimiento, y no calificada en las tácticas de extranjeros, protegidos por fuertes magnífica con grandes armas modernas, o detrás de tapias con jingals, se llevó a cabo siempre con apenas una característica redentora.

En particular, las unidades hakkas de la milicia liderada por los jóvenes comandantes Chiang Shao-tsu (姜紹祖), Wu Tang-hsing (吳湯興) and Hsu Hsiang (徐驤) puso una tenaz resistencia al avance japonés.

Para estos nativos a los japoneses al principio había una palabra amable y una sonrisa.

Pero apenas fueron las tropas fuera de la vista antes que las pistolas fueron llevados a cabo a través de las puertas mismas y dispararon contra el primer partido lamentable cuyos números eran lo suficientemente pequeñas para que parezca seguro para los ocupantes traicionero.

[19]​ Los japoneses tomaron represalias brutales cada vez que este tipo de incidentes se producían, matando a aldeanos sospechosos y quemando pueblos enteros.

Los japoneses persiguieron a los insurgentes y los derrotó el 12 de julio en un compromiso en Long-tampo.

[21]​ El 6 de agosto la guardia imperia abandonó Hsinchu y avanzó hacia Miaoli.

La batalla puso fin a la resistencia organizada contra los japoneses en el centro de Taiwán.

Sin embargo, los japoneses se negaron a seguir hasta la victoria de inmediato.

Su primer objetivo era capturar el puerto de Takow 打狗 (1921 renamed Kaohsiung 高雄), twenty-five miles to the north.

La división, 14.000 fuertes cuando aterrizó en Taiwán a finales de mayo, había sido tan reducida por la enfermedad que podría ahora solo con dificultad puso 7.000 hombres en el campo.

Liu Yung-fu probablemente podría desplegar una fuerza más grande, pero los chinos y formosanos por ahora luchando simplemente para evitar la derrota.

Pidió que no se de Formosa debe ser castigado por haber tomado las armas contra los japoneses, y que todos los soldados chinos en Taiwán aún deben ser tratados hospitalariamente y repatriados a Cantón o Amoy.

La división luchó varias acciones a paso ligero durante su avance hacia el sur.

[32]​ Todas las tres columnas japonesas estaban ya a corta distancia de Tainan, y el 20 de octubre, dando cuenta de que la guerra estaba perdida, Liu Yung-fu se disfrazó como un culí y huyó a Amoy en la China continental a bordo del buque mercante británico SS Thales.

Su captura puso fin a la resistencia seria de Formosa e inauguró efectivamente la época del gobierno colonial japonés en Taiwán.

Según fuentes japonesas, 4.642 soldados murieron en Taiwán y las Islas Pescadores de la enfermedad.

[37]​ Las bajas chinas y formosanas fueron mucho más altas, pero son difíciles de estimar.

Taiwán se mantuvo bajo el estricto control de Japón hasta 1945, y todas las unidades regulares del ejército chino aún en la isla se disolvió completamente o fueron enviadas de vuelta a China.

Los empresarios que habían apoyado a los japoneses durante la invasión prosperaron bajo su gobierno.