Chile no pretendía derechos sobre esa región y solicitó a los empleados bolivianos continuar sus funciones sin intervenir en asuntos militares.
Cronológicamente la ocupación está al inicio de la guerra del Pacífico aunque no es considerada su causa primaria.
El viaje desde la costa a La Paz a través del desierto, la cordillera de los Andes y el Altiplano demoraba 14 o 15 días por regiones prácticamente deshabitadas lo que impidió, por lo menos en parte, la explotación de la zona desde Bolivia, pero también su defensa.
La CSFA también estaba protegida por artículo 4 del Tratado Limítrofe de 1874, en que Bolivia se había comprometido a no aumentar los impuestos existentes ni crear nuevos durante 25 años.
El gobierno chileno consideró esas acciones como violación directa del tratado, porque ya no se remataría una salitrera por no cumplir una ley (que acababa de ser suspendida) sino que las embargaba por una acción de su gobierno.
A las 7:40 se desprendió del Cochrane una lancha que llevó al capitán José Manuel Borgoño en calidad de parlamentario ante las autoridades bolivianas.
Ya con la tropa desembarcada e incluso desembarcado el mismo coronel Sotomayor, recibió éste la respuesta del prefecto Severino Zapata, que decía: Las órdenes dadas a Sotomayor eran: «la ocupación de los territorios comprendidos entre los paralelos 23 y 24, tenía que ser pacífica, dando a las autoridades bolivianas todas las facilidades para abandonarlo».
Severino Zapata y otras autoridades bolivianas se embarcaron dos días más tarde en el vapor Amazonas de la Pacific Steam Navegation Company.
[3]: 192–194 Ese mismo día se ocupó también Mejillones por fuerzas llegadas con la corbeta O'Higgins comandada por Jorge Montt.
[10]: 160–161 Inmediatamente se envió desde Antofagasta al capitán Francisco Carvallo con setenta artilleros de Marina a ocupar Salar del Carmen y Caracoles.
161 y bajo el mar se realizó la conexión al cable submarino a Valparaíso.
El historiador boliviano Roberto Querejazu Calvo llama esta ocupación cautelosa, escrupulosa porque dejaba a Bolivia aún los puertos de Cobija y Tocopilla y toda una franja de territorio hasta Perú.
[19] El canciller chileno inquirió al plenipotenciario peruano sobre la existencia de un "Tratado Secreto" firmado con Bolivia en 1873.
[10]: 148 [3]: 330 Ambas medidas, la mediación y la convocación al congreso, fueron entendidas en Chile como un ardid peruano para ganar tiempo.
[18]: 152 Una vez ocupada la región sur del departamento del Litoral, los chilenos comenzaron a reunir informaciones llegadas desde la parte norte que indicaban una acumulación de fuerzas bolivianas en Tocopilla (300 hombres) y que en Calama se reunían los soldados, policías y empleados que habían salido de la zona de la costa ocupada por Chile.[10]: pág.
La ocupación de la zona norte del departamento representó solo una medida militar, no una reivindicación, y se pidió a los empleados fiscales bolivianos permanecer en sus trabajos con la sola condición de no intervenir en asuntos militares.
Los bolivianos se negaron a continuar ejerciendo sus labores y abandonaron la región.[10]: págs.
170-171 El 21 de marzo fueron desembarcadas fuerzas chilenas desde Cochrane comandado por Enrique Simpson que ocuparon Cobija y un día después Tocopilla.
A Tocopilla llegaron, a pie tras una travesía por el desierto, muchas familias y trabajadores chilenos expulsados del Perú que no habían logrado huir por barco de la persecuciones desatadas tras el edicto de expulsión.