[2]: 433 [3] Como ministro plenipotenciario de Chile en Perú, contrajo matrimonio con Mariana Prevost y Moreira, perteneciente a una noble e importante familia peruana, la unión tuvo un hijo llamado Santiago Godoy Prevost quien siguió la profesión de abogado y notario público en Valparaíso.
Fue trasladado a Ecuador y Brasil con el mismo nombramiento mientras duró la Guerra del Pacífico.
Rotas las relaciones i declarado el estado de guerra Chile no podría sacar ya sus blindados i, sin fuerzas bastantes para atacar con ventaja, se vería en la precisión de aceptar la mediación del Perú, la que en caso necesario se convertiría en mediación armada si las fuerzas de aquella República pretendiesen ocupar Mejillones i Caracoles.
Perú ofreció a Chile y Bolivia mediar en el asunto.
Durante la Campaña de Lima acompañó al ejército ya como ministro plenipotenciario[2]: 607–608 y estuvo presente en la reunión que debió decidir si el ataque a Chorrillos sería frontal o envolvente[2]: 654 así como en la reunión con representantes diplomáticos para acordar el Armisticio de San Juan.
[2]: 679 Godoy entró a Lima con el ejército chileno el 17 de enero y pudo encontrar en el ministerio de relaciones exteriores de Perú lo que Gonzalo Bulnes llama "Papeles de Godoy", estos son las comunicaciones entre los sucesivos ministros y sus representantes respectivos en el exterior y que han servido para esclarecer los hechos acaecidos durante esos años.
[8]: 147 Godoy, o Godoi como lo escribe Gonzalo Bulnes, se mostró positivamente impresionado por la opinión pública de los Estados Unidos.
UU. y si bien entretanto Piérola habría aceptado la cesión territorial, exigía que Chile pagase las deudas peruanas.
Posteriormente fue ministro Plenipotenciario de Chile en Francia y tras la Revolución de 1891 quedó apátrida por ser ex-balmacedista, se radicó en Argentina hasta 1895 y se retiró a Brasil.
Parvex, indica que Godoy Cruz era una persona culta, social y muy afable, mantuvo estrecha amistad con los presidentes peruanos, José Balta, Manuel Pardo y Mariano Ignacio Prado Ochoa quienes lo recibían sin previa cita en sus despachos con tan solo avisar al secretario personal.
[9] Mario Barros van Buren lo considera uno de los más talentosos miembros de la "Generación de 1865" que fue promovida por Abdón Cifuentes desde 1867 y que representaría a Chile durante el periodo de la Guerra del Pacífico: Alberto Blest Gana, Francisco Astaburuaga Cienfuegos, Carlos Walker Martínez, Carlos Morla Vicuña, Marcial Martínez Cuadros, Maximiano Errázuriz Valdivieso, etc.[10]: 225 Pese a sus grandes logros, en la vida familiar, fue conocido por el maltrato hecho a su esposa Mariana Prevost y sus hijos/as, estos últimos, recibiendo amenazas de muerte por parte de su propio padre, por defender a su madre.