El edicto de expulsión fue ampliamente popular en Perú,[2]: 701–702 donde encontró poca resistencia y fue llevado a cabo expeditamente.[4]: 93 Los chilenos habían llegado libremente en busca de una vida mejor para sí y sus familias.[5]: 441 En cuanto a la tendencia contestataria de los trabajadores chilenos, el historiador chileno Juan Pinto Vallejos señala que hasta cierto punto estaban acostumbrados a la disciplina del trabajo industrial y que su permanente rebelión contra jefes y autoridades era solo su rechazo visible a la desintergración que el capitalismo causaba en la sociedad chilena tradicional.[7] Benjamín Vicuña Mackenna escribió sobre la organización La Patria, cuyo objetivo era separar Antofagasta de Bolivia.En total, había 49 compañías registradas en Santiago y Valparaíso con un capital nominal de 16 000 000 pesos chilenos.Cuando las fuerzas chilenas ocuparon la región de Antofagasta en febrero, las guarniciones bolivianas marcharon a Cobija y a Calama, después al altiplano[10]: 192, 218 y las autoridades depuestas se embarcaron en el barco Amazonas con rumbo al norte.[13]: 370 En 1878 el gobierno boliviano impuso un nuevo impuesto a la empresa chilena CSFA en abierta contravención del artículo IV del tratado de límites entre Bolivia y Chile de 1874 que prohibía cualquier subida o nuevo impuesto sobre empresas chilenas en Antofagasta.La compañía se negó a pagar el impuesto y en febrero de 1879 el gobierno boliviano canceló la licencia de explotación, embargó los bienes y anunció su puesta a remate.Sus negocios, si los tenían, debían ser continuados por un supervisor estatal boliviano y las ganancias confiscadas.[2]: 701–702 Una tragedia humana se desató en Perú cuando miles de hombres, mujeres y niños intentaban alcanzar la costa y obtener un pasaje en un barco que los llevase de regreso a su país.Aquellos que no lograron escapar fueron encarcelados u obligados a trabajos forzados.En ambos casos las instalaciones portuarias fueron destruidas y los refugiados llevados a los buques chilenos que bloqueaban Iquique hasta su partida en vapores de línea que hacían el trayecto a Antofagasta, Copiapó y Valparaíso.Francisco Antonio Encina estima en 7000 el número de repatriados enlistados en los nuevos batallones.Con Perú se logró la formación de «tribunales arbitrales» para determinar el monto a pagar.[20] Con Bolivia se determinó que una parte de los ingresos fiscales bolivianos por importación cobrados en los puertos chilenos serían para reponer las deudas.