Los inexistentes servicios de sanidad, abastecimiento y transporte debieron ser implementados durante la guerra, ya que hasta entonces sus fuerzas habían combatido siempre en Chile o en territorio parcialmente aliado.
[9]: 113–114 G. Bulnes comenta que se enviaron agentes secretos a Perú y Bolivia para recoger información sobre los preparativos bélicos en marcha.
Francisco Antonio Encina estima en 7000 el número de repatriados enlistados en los nuevos batallones.
[4]: 127 Con el fin de enrolar más personal, se creó el Depósito de Reclutas y Reemplazos[16]: 419 que al parecer tuvo cierto éxito porque posteriormente se ordenó al ejército no enviar oficiales a enrolar gente en Santiago, Valparaíso ni otras ciudades porque eso ya estaba hecho por el depósito.
Tenía asiento en Valparaíso pero en el transcurso de la guerra fundó sucursales en Antofagasta, Iquique y Tacna.
Inicialmente fue puesta bajo Francisco Echaurren Huidobro, quien renunció en agosto por falta de apoyo del general en jefe.
Fue reemplazado por Vicente Dávila Larraín, quien, entre otras obras, fijó la ración diaria de un soldado.
Para la Campaña de Lima significaba acopiar para 25 000 hombres y 4000 bestias durante 10 días, por lo menos.
[19] Para aquel entonces ya era aplicada la anestesia, la vacuna contra la viruela y el cuidado antiséptico de las heridas.
[4]: 196 La maestranza del ejército, FAMAE, estaba en receso y debió ser reactivada bajo la dirección de Marcos Maturana.
Se debió comprar maquinaria usada en la Casa Gavelot, la que llegó finalmente a Chile en octubre de 1880.
Así organizado, existía un flujo de municiones desde los parques (depósitos) hacia los soldados.
[8]: 16 En Chile fue posible utilizar los ferrocarriles desde Valparaíso hasta Temuco para el transporte, pero la zona de guerra era accesible para Chile solo por mar y a la escuadra le correspondió el transporte desde los puertos chilenos hasta un depósito si era región ya ocupada o al lugar más cercano o accesible para desembarcar pertrechos y abastecimientos a los soldados desembarcados.
[8]: 17 Los soldados chilenos que hicieron la guerra eran eminentemente civiles llamados a las armas.
[nota 2] Para el ejército antes de la guerra, el sitio Memoria Chilena escribe:[26] Una vez iniciado el conflicto el batallón tenía 600 hombres, el regimiento 1200.
Cuando pasaban a formar parte del ejército se les llamaba "Batallón Cívico Movilizado".
[6]: 53 En 1823 se prohibieron definitivamente, también los azotes,[6]: 102 pero según Maldonado, aparecen aún o nuevamente en la ordenanza de 1839.
[28]: 43 Según Valentina Verbal S., el ejército seguía las normas francesas que había impuesto Napoleón.
No hubo una misión militar sino se siguió el espíritu de la época.
La influencia se reflejó en la organización, uniformes, etc,[12]: 102–103 pero también en la poca importancia que se le dio al Estado Mayor, error que sería subsanado solo después de la guerra con la influencia prusiana.
También la aparición de la metrallera y posteriormente de la ametralladora Gatling (y otras) habían demostrado que los ataques en línea cerrada no eran ya apropiados debido al nutrido fuego que los defensores descargaban sobre el avance.
[31] Durante la guerra existieron continuas desavenencias entre el mando del ejército y el gobierno.
Varios autores coinciden en que uno de los objetivos del gobierno chileno era conservar el control del ejército y la armada en sus manos, sin permitir la aparición de un caudillo militar que pudiese volcar el régimen legal existente en Chile.
Según algunos autores ese fue el criterio para elegir a los jefes militares durante la guerra: obedientes y sin brillo propio[5]: 106 [32]: 185 e impedir así lo que E. Rodríguez llama síndrome de Bulnes, un general victorioso que tras la guerra gana las elecciones.
Inicialmente, Arica y Tacna eran previstos como una salida al mar para Bolivia.
Es decir, los objetivos políticos, obtener la paz tras el reconocimiento a la ocupación de Antofagasta y Tarapacá y la abrogación del tratado secreto, se podían obtener, se pensaba, por varios caminos.
El historiador estadounidense William Sater critica severamente al alto mando militar (y también naval) chileno durante la guerra, entre otros calificativos: J. Arteaga como "senescente",[35]: 353 E.
Más aún, Sater critica que el ejército no tenía un servicio ferroviario ni telegráfico, los que debieron ser improvisados con las respectivas consecuencias: en la campaña de la Breña los telegrafistas eran peruanos y filtraban las informaciones relevante a Cáceres, quien fue informado, por ejemplo, oportunamente de la orden de retirada a Del Canto.