La imagen recibe el nombre de Santa María en la Cueva y se decide construir un templo con un monasterio.Éste se dirigió a los Riscos de Bilibio acompañado de muchos caballeros, pero cuando abrió la sepultura, sintió separarse del túmulo y se le torció la boca, tras lo que dio inicio una fuerte tormenta.Al creer que el cielo se oponía al traslado se marcharon, pero parece que el obispo conservaría la deformación de su cara de por vida.En 1076 Sancho el Noble es asesinado por sus hermanos Ramón y Ermisinda en Peñalén, Funes (Navarra).[2] En 1045 queda estabilizada definitivamente la conquista de Calahorra y en 1079 la sede episcopal, que estaba en Nájera, pasa a esa ciudad.En 1422 se inician las obras del nuevo templo que sustituye al original románico.En el primer cuarto del siglo XVII, entre 1621 y 1625, se edifica la portada del templo y a finales de ese mismo siglo se instala el retablo mayor, de estilo Barroco.En 1889 se declara al conjunto Monumento Histórico Artístico Nacional y unos años después, en 1895, entra al convento una comunidad de frailes franciscanos y comienza la recuperación del mismo.El acceso al claustro se realiza por la llamada Puerta de Carlos I.Este escudo se realizó en honor al rey, que contribuyó generosamente a la construcción del claustro.En 1052 se inaugura y consagra el primitivo templo para la Virgen de la Cueva.El templo actual se construyó entre 1422 y 1453, es de estilo Gótico florido, presentando formas esbeltas a la vez que sencillas.Las bóvedas son de crucería simple, a excepción de la del cascarón del ábside central, que es estrellada; los ábsides laterales son cuadrangulares, y el triforio presenta ventanales casi triangulares.Es llamativa la representación de los elementos que se dice que estaban junto a la imagen de la Virgen cuando ésta fue encontrada: una jarra con azucenas (emblema del monasterio), una lámpara y una campana.La imagen que dio origen al complejo religioso es una escultura medieval en madera tallada, y policromada solo por el frente.Muestra a la Virgen sentada, sosteniendo con la mano derecha una flor de lirio o azucena, y con la otra al Niño Jesús, quien está a su vez sentado sobre la rodilla izquierda de su madre; el Niño imparte la bendición con su mano derecha, mientras sostiene una bola con la contraria.La cueva donde se halló la imagen, integrada en el templo, es una de las muchas que existen en la zona de Nájera y que han tenido diversos usos a través del tiempo.Los triunfos que siguieron en las guerras de conquista contra los musulmanes fueron atribuidos por el rey a la imagen hallada.Hasta la construcción del retablo mayor, la imagen de la Virgen se mantuvo en este lugar.La cueva ha sido uno de los sitios elegidos por muchos nobles y religiosos para su entierro.Finaliza el conjunto con una representación barroca de una congregación benedictina sobre un friso con columnillas que cierra un paisaje rococó.El conjunto escultórico formado por las arcas funerarias es muy posterior a la época de los cuerpos que los ocupan.Los duques de Nájera gobernaron la ciudad hasta el año 1600, cuando no dejaron sucesión.Esta señora fue esposa, en segundas nupcias, del rey portugués Sancho II Capelo.Cuando este rey murió en el año 1248 Mencía volvió a Nájera, donde residió hasta su muerte en 1272.La puerta que da acceso al templo es un magnífico ejemplo de talla plateresca.
Puerta de Carlos I, en gótico flamígero y escudo real con águila bicéfala
Cúpula con trampantojo. A la derecha, pasamanos de la escalera Real