En 1138 fue cedido a los monjes cluniacenses de Nájera que lo conservaron hasta el 1431 y lo vendieron a don Fernán Pérez de Ayala, hijo del famoso canciller del rey Enrique II de Castilla, don Pedro López de Ayala.
En 1923, el obispo de Vitoria, Zacarías Martínez Núñez OSA, encargó a los Benedictinos que se hicieran cargo del santuario.
La comunidad benedictina permaneció en el santuario cien años (1923-2023).
[4] Aunque destruido en parte por la acción del tiempo y de los hombres en las continuas guerras civiles que tanto han echado a perder su parte decorativa, lo que de este templo aún existe demuestra su valor arqueológico.
Su sencilla planta coronada por tres ábsides,[5] sus columnas embellecidas por curiosos capiteles historiados, la pila bautismal y su frontal de piedra del altar del Cristo ostentan detalles que a juicio de algunos hacen remontar su construcción a la época visigoda.