En el norte, en lo que actualmente es Aguadas, Pácora, Salamina y Aranzazu, los Concuyes a quienes los españoles cambiaron el nombre por el de Armados debido a los atuendos dorados que estos ostentaban, vivían en esta zona al igual que los Pozos y Paucuras los cuales vivían en los ríos de los mismos nombres, los Pícaras y Carrapas estos últimos ocupaban vastas zonas de la zona norte y también en los municipios de Neira, La Merced y Filadelfia en el centro, en el occidente, Riosucio, Supía, Marmato, Anserma, Belalcázar, Risaralda, San José y Viterbo habitaron los Cartamas, los Ansermas subdivididas en muchas tribus, estos vivían desde el suroeste de Antioquia hasta el norte del Valle del Cauca.Del mismo modo al oriente, en Pensilvania, Marquetalia, Marulanda y Manzanares las tribus indígenas eran menos numerosas y por tanto menos reconocidas, algunas de ellas eran los Marquetones y Pantágoras, los cuales también habitaban en lo que actualmente se conoce como el Magdalena caldense, La Dorada, Norcasia, Samaná y Victoria junto a los Palenques y en el sur del departamento en lo que hoy es Villamaría, Palestina, Chinchiná y Manizales vivió la cultura indígena más desarrollada de lo que actualmente se conoce como el Eje Cafetero, los Quimbayas quienes fueron famosos por su producción de piezas de oro de alta calidad y belleza, reconocidos tanto nacional como internacionalmente por la hermosura de sus esculturas.Cuando Jorge Robledo entró en el territorio caldense, Titirama y Pimarucua fueron los primeros caciques con quienes tuvo contacto en las faldas del Río Pozo, los cuales se encontraban en sus sementares provistas de armas, fue por el hecho de haber herido mortalmente a Robledo que los conquistadores le declararon la guerra a muerte a los indígenas cometiendo crueldades en esta provincia, Marmato fue descubierto en el año de 1536 por los soldados que bajo la orden del conquistador español Sebastián de Belalcazar, se encontraban a cargo del mariscal Jorge Robledo.En 1542 se produjo la primera rebelión quimbaya y en 1577 la segunda, que llegó a adquirir mayores dimensiones.En 1825 es fundada Salamina; en 1842, Neira; en 1849, Manizales y finalmente en 1857, Chinchiná dando por terminada la colonización de esta zona.La guerra civil, tuvo consecuencias bélicas sobre la ciudad, con el ánimo de invadir Antioquia que se hallaba en poder conservador por el sur, Mosquera con 3.000 hombres marcharon sobre Manizales vía Santa Rosa de Cabal, el presidente Ospina enterado de sus planes mandó tropas con el general Joaquín Posada Gutiérrez a hacerle frente.Al día siguiente celebró un convenio llamado la esponsión de Manizales, por el cual se comprometía a retirarse al Cauca, desarmar su ejército y entregar sus armas, mediante ciertas garantías que debería otorgarle el gobierno de la Confederación como amnistía general a los rebeldes y el anulamiento del decreto de desmembración del Estado Soberano del Cauca, sin embargo, tanto el presidente Ospina Rodríguez no aprobó expresamente ese arreglo (porque contaba con un ejército bien armado y disciplinado de 6.000 hombres) como el jefe revolucionario aprovechó la tregua para continuar mejorar su posición y preparase para atacar la capital.Poco tiempo después se llegó al Acuerdo de Manizales, con el triunfo del gobierno radical del presidente Parra y de las fuerzas gubernamentales comandadas por el general Trujillo.Más tarde, en la Regeneración Conservadora, Rafael Uribe Uribe, apoyado ampliamente por Aquilino Villegas y Daniel Gutiérrez Arango, propuso la creación del Departamento de Córdova, con capital Manizales.Desde 1911 los gobernantes y los dirigentes cívicos caldenses habían señalado la necesidad de construir una ferrovía desde Manizales hasta el río Cauca, de este modo en diciembre del mismo año el gobierno nacional y departamental firmaron un contrato en el cual se autorizaba al gobierno de Caldas la construcción del ferrocarril; es así como en 1915 comienza la construcción de éste, el cual inauguró su primer tramo en 1919 finalmente terminó en 1929 comunicando a las tres crecientes ciudades Manizales, Pereira y Armenia con el resto del país.Aproximadamente 230.000 personas se vieron afectadas, 20.000 quedaron sin hogar y 110 km² de terrenos fueron perjudicados en su mayoría en Armero, en el departamento vecino del Tolima, pero también causó estragos en Caldas; un segundo lahar bajo por el valle del río Chinchiná, matando a cerca de 1.800 personas y destruyendo 400 casas en Chinchiná a tan solo 18 km de Manizales.
