Los orígenes del ferrocarril, se remontan al año de 1888, cuando el departamento de Caldas aún no había sido creado, y cuyo territorio era dominado por los departamentos de Antioquia, Tolima y el Cauca; cuando el Gobierno Nacional sancionara la Ley 144, mediante la cual se autorizaba la compra de los derechos que poseía el departamento del Cauca sobre el ferrocarril de dicho territorio para otorgarle una concesión de privilegio que construyera un ferrocarril que partiendo de Buenaventura y pasando por Cali, llegara a Manizales.

Posteriormente, y según lo reglamentado en la Ley 16 de 1890, se autorizaría la celebración del contrato entre el Gobierno Nacional y el señor James L. Cherry para la construcción del ferrocarril mencionado; sin embargo, dicho contrato no lograría materializarse, en esencia debido a las confrontaciones políticas, que desencadenaría una serie de guerras civiles que paralizarían el país.

El inicio de la construcción, se inauguraría el 16 de julio de 1915, en el sitio conocido como Puerto Caldas con una ceremonia a la cual llegaron personalidades importantes de la región; el tramo comprendido entre Puerto Caldas y Estación Pereira, y durante sus primeros 10 kilómetros, estuvo a cargo de los ingenieros Jorge Escobar y Alfonso Bernal, quienes pese a numerosos inconvenientes asociados con factores climáticos que produjeron grandes desbordamientos e inundaciones del río Cauca sobre el corredor previsto, y los cuales a su vez obligaron a implementar obras no previstas como alcantarillas y puentes, lograrían llegar a la estación de La Marina, cercana a la población de Cartago, y hacer entrega al gobierno nacional de dicha línea.

La Primera Guerra Mundial y la consecuente disminución en las exportaciones de café a los países contendientes, hizo que se aplazara la obra hasta agosto de 1915, ya bajo la autoridad del ingeniero antioqueño Luis A. Isaza.

Cuatro años después se inició la construcción y el 2 de julio de 1917, se inauguran los primeros 10 km, saliendo desde Cartago, en 1919, se inaugura el tramo hasta la estación Villegas, en 1923, se empalma el Ferrocarril del Pacífico con el de Caldas hasta llegar a Manizales, pasando primero por Villamaria, en ese entonces la ruta Tenía diez túneles con longitudes variadas desde 25 hasta 105 m. En 1929, llega a Armenia, en 1951, este ferrocarril pasó ser parte del Consejo Nacional de Ferrocarriles y hacia 1959, una turba arranca los rieles del ferrocarril en Pereira, dejando a Manizales desconectada del sistema, cesando operaciones.