Hijo de la psicóloga Modesta Ángela Bacaicoa Destéfano y del actor Héctor Alterio.
[4][6] Estudió biología pero lo dejó para seguir con la carrera de Historia,[5] estudios que realizó durante dos años.
[9] La carrera cinematográfica del actor, iniciada en 1992, empezó a despegar con pequeños papeles en películas como Mi nombre es sombra, Tengo una casa, Morirás en Chafarinas, Belmonte y Más que amor, frenesí, Dos por dos.
En televisión había aceptado pequeños trabajos en series como El joven Picasso, Lleno, por favor, Colegio Mayor, Los ladrones van a la oficina y Todos los hombres sois iguales.
Fernando Colomo lo había llamado para protagonizar junto a Jordi Mollà y Juan Echanove.
La historia, que fue un hecho real, no es un relato totalmente fiel a la realidad, sino una comedia dramática.
[18] Estrenó ese mismo año la obra teatral de Tom Stoppard Rosencrantz y Guildenstern han muerto, bajo la dirección de Cristina Rota; Juan Diego Botto, Juan Ribó y Roberto Dragó entre otros lo acompañaron sobre las tablas.
[19] En 2001 Carlos Saura lo contrató para encarnar a Salvador Dalí en Buñuel y la mesa del rey Salomón.
Leonor Watling, Leonardo Sbaraglia, Emilio Gutiérrez Caba, Cecilia Roth, Rosa María Sardà y Norma Aleandro completaron el reparto.
Sus antiguos compañeros de Animalario, Guillermo Toledo y Alberto San Juan, debido al triunfo alcanzado con el filme, fueron seleccionados para presentar los Premios Goya de ese año, pero Ernesto no participó en la gala.
Ernesto y su hermana Malena entregaron el Goya de Honor a Héctor Alterio.
Interpreta a Samuel Santos, un policía que tiene un accidente en el año 2009 y cuando se despierta lo hace en 1977.