Era muy estimado hasta la abolición de la monarquía en 1889, cayendo en la oscuridad por ser considerado muy cerca del antiguo régimen.
Su padre y su abuelo paterno, también llamado Manuel Marqués de Sousa, eran soldados experimentados que participaron en las guerras coloniales.
La familia real portuguesa huyó a Brasil en 1808 y se instaló en Río de Janeiro.
Las colonias hispanoamericanas se convirtieron en blancos fáciles, ya que fueron tomadas por los disturbios y afectados por la guerra de independencia contra el Imperio español.
Él mismo pidió permiso a su abuelo en 1817, con sólo trece años de edad entonces, para poder luchar en la guerra.
El regimiento fue enviado a Montevideo, la ciudad más grande de la Banda Oriental.
Las Provincias Unidas del Río de la Plata, en apoyo a los rebeldes orientales, declararon anexionado este territorio, con el nombre de Provincia Oriental, y, en venganza, el Imperio del Brasil le declaró la guerra a los argentinos, iniciándose la Guerra argentino-brasileña.
Sin embargo, las fuerzas leales al gobierno legítimo seriamente se encontraban en menor número.
Se libró una pequeña escaramuza rebelde el 2 de diciembre cerca del principal campo imperial.
Al final del conflicto, Marques de Sousa se postuló como diputado provincial en 1845 y fue elegido para la legislatura que abrió sesiones en 1846, pero no era afiliado a ningún partido.
El control del gobierno legal de Uruguay, llamado gobierno Gobierno de la Defensa, desde hacia nueve años se encontraba reducido a la sitiada ciudad de Montevideo, ya que los arrabales de esta ciudad y la campaña uruguaya se encontraba bajo dominio del rebelde brigadier Manuel Oribe, líder del partido Blanco y aliado del general Rosas, el cual apoyó al jefe rebelde con tropas que destacó en el sitio.
El brigadier Marques de Sousa lideró su división junto con tropas argentinas y uruguayas.
El jefe brasileño había pasado su vida hasta aquel momento luchando contra hispanoamericanos y ahora marchaba como su aliado.
Los aliados obtuvieron la victoria y Rosas huyó al Reino Unido; Marques de Sousa adquirió su carruaje como un trofeo.
Porto Alegre tuvo una hija ilegítima llamada María Manuela Marques en el período entre sus dos matrimonios, pero más tarde legitimó.
El Instituto fue de corta duración y terminó cuatro años más tarde en 1864.
La situación en esa provincia fue caótica y los comandantes militares locales fueron incapaces de montar una resistencia efectiva contra el Paraguay.
Se dirigió a Uruguayana, una pequeña ciudad situada en el oeste de la provincia brasileña y fronteriza con Argentina donde un ejército paraguayo estaba rodeado por una fuerza combinada de unidades brasileñas, argentinas y uruguayas.
Cuando Flores dijo que podría derrotar al ejército paraguayo solo, fue objeto de burlas por los dos oficiales brasileños.
La disputa fue temporalmente colocada de lado cuando Pedro II llegó personalmente al frente.
Mitre, ya fuera del territorio brasileño, fue reconocido como el comandante en jefe aliado y planeó usar el ejército de Porto Alegre para marchar a través del territorio paraguayo por la retaguardia y rodear a Humaitá.
Anteriormente amigos, Porto Alegre y Caxias (Partido Conservador) se fueron distanciado debido a la política.
Como siempre ocurría cuando un partido regresaba al poder, se realizaron nuevas elecciones, pero fueron marcadas por fraudes.
Las dos alas principales de la Liga Progressista (los progresistas, a las que Porto Alegre pertenecía, y los históricos) dejaron de lado sus diferencias y quedaron más disciplina en unidad, renombrando al partido como Partido Liberal.
Como se esperaba, no fue reelegido en las elecciones de 1869 organizadas por el Partido Conservador.
Porto Alegre entonces volvió su atención hacia la organización de un reducto liberal en su provincia natal.
A pesar del dolor él poco se quejaba, solo decía: Esto es de más.
La caída de la monarquía en 1889 trajo grandes cambios en la forma en que los pasados acontecimientos eran vistos.
Heitor Lira dijo que Porto Alegre fue ciertamente un oficial de gran valor.
Gustavo Barroso consideró que como la figura militar más grande en Brasil después de Caxias y Osorio.