En el siglo XVII la Compañía de Jesús llegó a la zona.
Los jesuitas crearon la llamada "Provincia de las Misiones" que originalmente tenía como límite oriental la Línea de Tordesillas y como límite septentrional (aproximado) el paralelo 20º S (al este del río Paraná sus límites efectivos septentrionales estaban dados por el río Paranapanema o Paranapané), es decir, toda la región llamada La Pinería o Guayrá.
El límite de Río Grande con las posesiones españolas quedó establecido a partir de la desembocadura del río Pepirí (también llamado río Pepirí Guazú) en el extremo noroeste, siguiendo desde allí hasta llegar a la sinuosa línea serrana que divide la cuenca platense de la cuenca de la laguna de los Patos y que llega a las nacientes del río Negro en el sur y desde allí hasta la laguna Merín, siguiendo por sus costas hasta el punto sur de ésta, y desde él, a la desembocadura del arroyo Chuy en el Atlántico al sureste.
En la frontera del Río Pardo, los dragones al mando del coronel Patrício Correia Câmara, conquistaron Batoví y arrasaron el Fuerte de Santa Tecla, retirándose los españoles hacia Cerro Largo y los de la guardia de San Sebastián hacia San Borja.
El 29 de noviembre 100 españoles y 80 indígenas fueron rechazados en San Borja.
El 17 de diciembre se conoció la paz firmada en Europa.
El Tratado de Badajoz en 1801, reconoció la soberanía española en los territorios conquistados en las Misiones Orientales, pero Portugal no los entregó y anuló el tratado el 1 de mayo de 1808, perdiéndose para España los siete pueblos y once estancias al este del río Uruguay.
[4] Una provisión real del 7 de octubre de 1809 dividió administrativamente la capitanía en 4 grandes municipios: Porto Alegre, Río Grande, Río Pardo y Santo Antônio da Patrulha.