Se destacan tres grandes represas construidas sobre el cauce principalː Rincón del Bonete, Baygorria y Palmar, que generan el 38% (~593 MW) de la energía hidroeléctrica del país.

La fama de sus aguas por sus propiedades curativas (los virreyes las llevaban en toneles) provocó el desarrollo del turismo en Villa Soriano.

En él se encuentran las islas Redonda, del Medio, Pepe Ladrón, Santiago Chico y Villeta.

[cita requerida] En su curso se encuentran las represas Rincón del Bonete, Baygorria y Palmar, formando importantes lagos artificiales.

Los estudios de aprovechamiento hídrico e hidroeléctrico comenzaron ya en 1904, a cargo del ingeniero Víctor Sudriers.

Estas represas regulan el caudal del río, que antiguamente era muy irregular y causaba inundaciones importantes.

Esta proliferación en masa de cianobacterias no sólo cubrió las aguas costeras de Colonia, San José, Montevideo y Canelones, sino que se extendió hasta Maldonado y Rocha, llegando incluso a aguas oceánicas.

[6]​ En marzo de 2023 se lanzó Iniciativa Río Negro, portal que pone a disposición más de 90 documentos académicos y científicos más datos abiertos vinculados a la calidad del agua.