La invasión incluyó enfrentamientos con milicias orientales capitaneadas por José Gervasio Artigas y la acción de fuerzas irregulares portuguesas dedicadas al saqueo.

El ejército revolucionario al mando del general Manuel Belgrano, que regresaba de la frustrada Expedición al Paraguay, tras haber reunido sus fuerzas en Candelaria (Misiones), atravesó la Mesopotamia y cruzó el río Uruguay para operar en la Banda Oriental, instalando su cuartel general en Mercedes.

José Rondeau puso sitio a Montevideo con el auxilio de los gauchos orientales, milicias guaraníes llevadas por Belgrano desde Misiones y las fuerzas enviadas por Buenos Aires.

El Virrey Elío vio como salida para mantener su puesto, el auxilio de las tropas portuguesas del Brasil y fue así que solicitó su concurso para derrotar a los revolucionarios.

El 10 de abril Souza comunicó a Velasco que había incrementado las fuerzas a 1.500 hombres en San Borja y que se había puesto al mando de ellas.

Souza reunió a los principales jefes en consejo y se decidió iniciar la marcha el 15 de julio.

A principios de agosto Rondeau envió dos divisiones de caballería al mando respectivo del coronel Pedro Pablo Pérez y del capitán Baltasar Bargas para observar los movimientos del ejército portugués y recoger ganado y caballadas que pudieran servir a los invasores.

Las fuerzas fueron reclutadas entre las partidas que custodiaban los ríos Uruguay y de la Plata, desguarneciendo las costas.

[5]​ El avance portugués fue facilitado por las observaciones militares realizadas por Curado durante sus viajes diplomáticos.

La Banda Oriental y las villas entrerrianas de Concepción del Uruguay, Gualeguay y Gualeguaychú debían quedar bajo el control del virrey, lo que ocasionó el disgusto de sus habitantes.

El convenio fue ratificado por Elío el 21 de octubre y tres días después por el Triunvirato.

Cumpliendo lo pactado, las tropas porteñas comenzaron a abandonar el sitio el 14 de octubre, evacuaron el suelo oriental en diciembre de 1811 y regresaron a Buenos Aires, mientras que otras fuerzas cruzaron el río Uruguay, acampando en Entre Ríos.

Artigas y otros caudillos que reconocían la autoridad del Triunvirato no aceptaron en principio el acuerdo, pero también se retiraron cruzando el río Negro entre el 11 y el 13 de noviembre de 1811, siendo seguidos por gran parte de la población, que no quería quedarse a vivir bajo dominación realista o portuguesa.

En 1811 bandas armadas irregulares luso-brasileñas, mayoritariamente guaraníes, invadieron los pueblos misioneros, capturando al comandante de Yapeyú.

La columnas de 100 atacantes logró que los 500 defensores del pueblo se retiraran tras el río Corriente.

Celedonio del Castillo concentró sus fuerzas en los pueblos de San Carlos y Mártires.

En diciembre Maneco con 300 hombres saqueó Gualeguay y luego se dirigió a Belén, desde donde bloqueó el avance de Artigas hacia el Salto Chico.

Desde su campamento en el río Daymán, a mediados de febrero Artigas destacó a Fernando Otorgués hacia Santo Tomé con 150 hombres, un Escuadrón de Voluntarios, 3 compañías que comandaba Fructuoso Rivera, y algunas milicias misioneras, para defender los pueblos del ataque portugués.

Tras breve resistencia, recuperó sucesivamente los pueblos de Santo Tomé, Yapeyú y La Cruz, que habían sido ocupados por fuerzas portuguesas pertenecientes al coronel Mena Barreto.

Durante el avance hacia Paysandú el 6 de abril el ejército atravesó el río Yí.

Murieron 10 milicianos orientales, tomándose 7 prisioneros, 300 caballos, 150 bueyes y 2 carretas con municiones (Combate del Paso de Alcorta).

El 26 de marzo de 1812 Bento Manuel Ribeiro con 80 hombres, saliendo desde San Borja, atacó Yapeyú, defendida exitosamente por Pérez Planes con 400 soldados, a los que se sumaron otros 100 enviados posteriormente por Artigas.

Desde San Diego el coronel Thomaz da Costa avanzó con los dragones y milicias de Río Pardo para enfrentar a las fuerzas de Artigas en la zona entre los ríos Ibicuy y Cuareim, obligándolas a repasar el río Uruguay.

Artigas despachó contra ellos 500 infantes al mando del capitán de dragones Francisco Uriondo, quien chocó contra los portugueses reforzados ya con 400 hombres más (Combate de Itapebí Grande).

En junio de 1812 Chagas intentó atacar La Cruz, defendida por fuerzas correntinas, pero Galván le comunicó que habían cesado las hostilidades y se retiró.

El tratado fue firmado por el enviado portugués, teniente coronel Juan Rademaker, y el secretario interino de gobierno del Primer Triunvirato, Nicolás Herrera.

Por su lado, Diego de Souza se negó a retirarse como especificaba el acuerdo.

Pero Strangford nuevamente presionó a la Corte para que aceptara el armisticio en los términos pactados.

El 18 de agosto el Ejército Pacificador llegó al Campo de Santa Ana, desde donde retornó al territorio portugués marchando en dos columnas en dirección a Bagé y a Alegrete, respectivamente.

Este campamento fue la base desde donde el capitán José de Abreu rechazó los ataques artiguistas para recuperar la región.