Los patriarcas fueron miembros de varias juntas y, más tarde, senadores del reino.
Autores como Gil González Dávila y Salazar de Mendoza, opinaron que el patriarcado fue erigido en 1524 por el papa Clemente VII, concediendo la dignidad a Esteban Gabriel Merino.
Hasta entonces Fonseca se había ocupado desde España del gobierno eclesiástico de las tierras recién descubiertas.
El papa accedió a la erección de la nueva diócesis, que quedó bajo el gobierno del franciscano Juan de Quevedo, pero era reacio a crear un nuevo patriarcado que eventuálmente podría disminuir su poder o derivar hacia un cisma.
Las condiciones eran especificadas en casi todas las bulas de nombramiento; la más expresiva y clara fue la de nombramiento de Antonio Allué Sesé (en 1821): «Cum itaque Patriarchatus Indiarum Occidentalium Maris Océanos, quia Ecclesia, Sede, Capítulo, Choro, Clero et populo omnique cura regimine et jurisdictione tam espirituales quam temporales caret, sed solum en dignitatis Patriarchalis título et honore consistit».
A partir de 1644 el patriarca también ostentaba la jurisdicción castrense, que quedó vacante entre 1716 y 1736.