En dicha universidad fue catedrático de Teología Moral y rector en tres períodos.

En 1775 el rey lo hizo administrador y capellán mayor de la iglesia del Pópulo.

Luego se dirigió por vía terrestre a su diócesis, que quedaba cientos de kilómetros más al sur, por lo que aprovechó el viaje para iniciar su visita pastoral por los curatos de la costa.

[4]​[5]​ Tuvo una particular preocupación por el Seminario de San Jerónimo, al cual reformó según las corrientes doctrinarias que a la sazón se imponían en Europa (1791).

[2]​ Pero tuvo incesantes contratiempos debido a la severidad de su carácter que no le permitía transigir con la ignorancia y los abusos.

En 1795 representó al rey su deseo de renunciar, visto su desacuerdo con las autoridades civiles, la oposición del cabildo eclesiástico y la resistencia del monasterio de Santa Catalina a aceptar reformas.

Su paso por esta sede fue de gran utilidad y su influencia trascendió hasta la sociedad civil, porque los alumnos que se formaron en el Seminario por el renovado, así abrazaran o no el sacerdocio, vinieron luego a ser sus elementos directores.

Consta también que saludó a las cortes españolas cuando abolieron el Tribunal de la Inquisición.

[2]​ Pero con el restablecimiento del absolutismo en 1814, sufrió en carne propia la represión que se desató en toda la península.