El virrey Francisco de Toledo otorga la licencia necesaria para la fundación del tan deseado monasterio que solicitaba la ciudadanía.
Las mujeres que ingresaron como monjas al monasterio fueron criollas y mestizas pertenecientes a familias adineradas.
El Convento de Santa Catalina se envolvió en un velo de misterio y silencio hasta 1970, en que una parte grande del convento abrió sus puertas al público.
Durante casi dos siglos en la época virreinal, los claustros y celdas del monasterio han sufrido diversas modificaciones, agregados y nuevas construcciones que hacen que Santa Catalina se haya convertido en un mostrador a escala humana de la arquitectura colonial arequipeña.
En gran parte fue restaurado para poder lograr un mejor atractivo del público, conservando su planta y características originales.