Su carrera académica fue brillante, como dicen sus informes: asistía a clase “con puntualidad, aplicación y aprovechamiento”, poseía “en todos (los) conceptos instrucción sólida, apoyada en la verdadera doctrina”.
Tal era el desagrado que cuando muere en 1842 aún no había entrado en la diócesis y a su muerte se quiso nombrar sin más, vicario capitular al que había sido su provisor, Golfanguer, como si se tratase de una normal y legitima sede vacante.
Pero la situación no podía prolongarse, y decidió presentarse espontáneamente a las autoridades, siendo desterrado eligió como residencia San Sebastián.
Aquí es donde comienza su preparación, propiamente dicha, como pastor y hombre de gobierno, pues en la práctica era un cargo casi episcopal.
En este documento se alude al periódico Irurac-bat, citando algunos párrafos del mismo, incursos en la condena de esta pastoral.
El periódico Irurac-bat se apresuró a presentar sus disculpas con total sumisión e integridad católica.
Por toda la geografía española se realizaron desagravios públicos y voces elocuentes como la de Monescillo y la del canónigo magistral de Vitoria, Don Vicente Manterola, que se enfrentaron a la parte contraria defendida por Castelar.
Las Actas del Concilio dejan constancia de su asistencia a las tres primeras Sesiones Públicas y del permiso para ausentarse que le fue concedido el 5 de abril “tum ob valetudinis incommoda, tum ob Ecclesiae suae necessitates”.
En relación con este asunto tomó providencias contra los que se negaran a aceptar lo ordenado en el motu proprio Quo gravius.
Salmerón avergonzado por como se desarrollaban los hechos abandona la presidencia de la República en la que solo pudo mantenerse durante cuarenta días.
El nuevo rey desembarca después en Barcelona y visita Valencia, ciudad esta en la cual se le tributa una triunfal recepción, para posteriormente ser reconocido en Madrid, asumiendo la presidencia del gobierno Cánovas del Castillo, el cual se apresura a arreglar lo más pronto posible la mala situación religiosa creada en los años anteriores: envió embajador ante la Santa Sede y derogó la ley del matrimonio civil.
En este periodo se reconoce la confesionalidad del Estado español con una simple tolerancia a los otros cultos.
Los cabecillas más destacados abandonan Valencia huyendo en barco a Cartagena, quedando en quince días destruida la expectativa independentista.
Durante este periodo, nuestro arzobispo promueve la iniciativa de enviar al Papa escritos colectivos, por provincias eclesiásticas, que luego se transformarían en el mensaje del episcopado español a León XIII.
Las implicaciones de los intereses políticos en los asuntos eclesiales eran tan frecuentes e intensas que difícilmente se podían apagar las pasiones y escindir los campos.
Con respecto al Seminario Central, Monescillo nada más llegar a Valencia se entrevista con el provincial de los jesuitas, el padre Vigordá, para ofrecerles tres cosas: que escogiesen un templo en la ciudad para ejercer allí sus ministerios, que fundasen una residencia en el palacio del santo Duque en la ciudad de Gandía, y finalmente, que se hiciesen cargo de la dirección del Seminario.
Los jesuitas que comenzaron a trabajar en él en 1877 se van retirando discretamente hasta desaparecer por completo en 1879.
Con la retirada de los jesuitas del Seminario se demuestra que las relaciones entre ellos y el clero, con el prelado a la cabeza, se habían deteriorado: junto a los recelos personales existen razones políticas que ensombrecieron estas relaciones, pues los jesuitas atribuyen el fracaso del Seminario a la remoción de su rector Luis Badal, amigo de estos y conocido carlista.
El empeño del profesor y sacerdote Alonso Perujo sirvió únicamente para asentar unas bases, pues no hubo continuidad ni se consiguió formar una escuela, aunque Monescillo insistió sobre la línea tomista impuesta por León XIII, prueba de ello será la reafirmación que realizará en el Concilio provincial de 1889 sobre la necesidad de enseñar y explicar la doctrina del Doctor Angélico en el Seminario, tal y como versaba la encíclica Aeterni Patris.
Durante los meses previos va nombrando a quienes serían los consultores, peritos, etc., intentándose rodear de los mejores.
Monescillo insiste, como se dijo, en la necesidad de explicar en el Seminario la doctrina del Doctor Angélico según la encíclica Aeterni Patris.
Enviados los Decretos conciliares a Roma fueron aprobados y publicados en 1891 con unas mínimas correcciones de detalle.
Fue un líder dentro del episcopado y así lo reconoció el propio papa León XIII en el consistorio del 11 de julio de 1892 preconizando al cardenal Monescillo para la sede primada, pese a haber superado los ochenta años.
En la archidiócesis nadie se atrevió a discutir su prestigio, su recia formación, sólida cultura y su brillante oratoria.
Vuelve Monescillo en su última etapa pastoral a sus inicios, a los años entrañables de su juventud, la ciudad que siempre amó y de la que había escrito, en Pensamientos: “hay atmósferas en las cuales se ahoga quien no respira tradición y piedad.
Este nombramiento fue el sueño de toda su vida y se sintió muy feliz cuando llegó a Toledo.
Llega a una diócesis grande, pero no inabarcable, 457 parroquias, atendidas por un buen número de sacerdotes, concentrados sobre todo en la capital.
Los canónigos eran, vista la situación, una fuerza importante en la diócesis y, Monescillo que fue miembro del Cabildo Primado lo sabía.
Estando convaleciente y en la cama, casi todo el tiempo, el cardenal no asiste ya desde 1894, a actos oficiales, ya no escribe obras extensas, sus Pastorales son más breves, menos densas y menos rigurosas que antes.
Mientras revestido de pontifical, pasa sin cesar el pueblo durante los tres días que durará la capilla ardiente.