Retornó a su diócesis de Córdoba al concluir sus estudios.En 1870 asiste en Roma al Concilio Vaticano I.[2] Fue sorprendente su actuación en algunos asuntos que enfrentaban su actuación política próxima al liberalismo con la postura mayoritaria de la Iglesia y del resto de prelados.Así, los obispos protestaron en 1865 por el reconocimiento que hizo O'Donnell del Reino de Italia siendo Rosales uno de los pocos que no lo hicieron.Rosales sí juró dicha Constitución y autorizó al clero de su diócesis a hacerlo, aunque la mayoría no lo hizo.
Escudo heráldico de D. Andrés Rosales y Muñoz, Obispo de Jaén (1859-1864)
