[4] La ciudad ya había sido abandonada cuando tuvo lugar la Conquista de México en el siglo XVI.
En consecuencia fue hecha una segunda visita al año siguiente, la cual determinó que las ruinas eran de alto interés, por lo que dos años después, el explorador y arquitecto Antonio Bernasconi fue enviado para detallar el lugar, acompañado por un contingente militar.
Cuando exploraban la ciudad abandonada, las tropas derrumbaron varios muros para poder acceder al interior de las construcciones, produciendo un daño considerable a las mismas.
La primera exploración de carácter arqueológico documentada en Palenque, tuvo lugar en 1787,[6] liderada por el capitán novohispano Antonio del Río.
En 1832, el anticuario, cartógrafo y explorador francés Jean Frédéric Waldeck pasó dos años en Palenque haciendo bosquejos que serían publicados en 1866.
La más antigua de las estructuras que han sido descubiertas fue construida alrededor del año 600.
Después de él, llegó al poder un ajaw apodado “Casper” o “Gasparín”[9] por los arqueólogos.
Se supo poco acerca del primero de ellos, B'utz Aj Sak Chiik, hasta que, en 1994, fue hallado un tablero describiendo un ritual hacia el ajaw.
El mismo tablero menciona a su sucesor Ahkal Mo' Naab' I como un joven príncipe, por lo cual se especula que había una relación de parentesco entre ellos.
Por razones desconocidas, Ahkal Mo' Naab' I tuvo gran prestigio, pues los señores que lo sucedieron se mostraban orgullosos de ser sus descendientes.
En el año 611 al morir Janaab' Pakal quedó rota la línea de sucesión patrilineal, y la dinastía palencana se dividió en dos, por lo que se desató una crisis dinástica en el señorío de B'aakal (al que pertenecían Tortuguero y Palenque).
[11] Por una parte, Ik' Muuy Muwaan reclamó para sí su derecho al trono y junto con su hijo B’ahlam Ajaw, se estableció en Tortuguero, nombrándola capital del señorío de B'aakal.
La rivalidad entre ambas facciones se hizo patente, años más tarde, mediante los diversos conflictos bélicos que sostuvieron estas dos ciudades.
Janaab Pakal asumió las funciones del ajaw pero nunca fue coronado; y fue sucedido en 612 por su hija, la señora Sak K'uk, quien gobernó durante solo tres años.
Pacal el Grande se casó con la princesa de Ox Te' Kuh, Tz'akbu Ajaw, en 624 y tuvo al menos tres hijos.
Gracias a las numerosas obras comenzadas durante su gobierno, hoy se tienen retratos de este ajaw, hallados en varias esculturas.
En 711, Palenque fue asediado por el reino de Toniná, llevando prisionero al anciano señor K'inich K'an Joy Chitam II.
Durante diez años Palenque estuvo sometido a Toniná hasta que K'inich Ahkal Mo' Naab III fue coronado en el año 721.
Se cree, por tanto, que esta coronación supuso una desviación en la línea dinástica; y probablemente K'inich Ahkal Mo' Nab' III llegó al poder tras haber dedicado esos años al cabildeo y el forjado de alianzas políticas.
Poco después del año 800 ya no hubo nuevas construcciones en el centro ceremonial.
A través de los hechos artísticos podemos aproximarnos algo más al espíritu que los creó y, al ir desentrañando formas y símbolos plásticos, que se antojan inasequibles a primera vista.
La lista siguiente comprende a los señores que se sabe gobernaron Palenque, con las fechas de sus gobiernos: