No fue sino hasta 1982, casi cincuenta años después de su descubrimiento, cuando recobró vigencia el interés por este sitio.

En esta ocasión, la Universidad Autónoma de Campeche crea un proyecto dirigido por William Folan, para cartografiar y trabajar en Calakmul.

Se organizaban, sobre todo durante el periodo clásico, en unos 60 reinos diferentes, cada uno con su propio gobernante.

Durante los primeros años de este periodo Nakbé, Uaxactún y El Mirador eran los principales centros mayas.

Mientras Tikal estaba asentada como gran potencia y mantenía relaciones a larga distancia con otras ciudades-estado, como Caracol, el cuchcabal de la Cabeza de Serpiente empezaba a configurarse, expandiéndose su escaso poder en el territorio.

Las construcciones urbanas cobran un papel destacado, durante el Preclásico Tardío (400 a. C.-250 d. C.), no sólo en Calakmul, sino también en otros reinos como Tikal, donde estarán presentes y marcarán este período.

Este desarrollo desembocará en un conflicto armado, que durante un siglo marcará al mundo maya (cuyo paralelo algunos autores lo han situado en las guerras que marcaron la antigüedad entre Atenas y Esparta), el protagonizado por Calakmul y Tikal.

En este periodo de auge, Calakmul ha alcanzado tal poder, que empieza a tener por el territorio a un gran número de potencias subordinadas; por tanto, aunque se mantenían los gobernantes locales, Estos estaban sometidos al ajaw del reinado de Kaan y sus beneficios recaían en el lugar donde habitase este gobernante, el cual durante este periodo se ubicó en Calakmul.

Hasta este periodo, la realidad económica-política y social de la época, en las tierras del sur, estaba dominada por una única potencia que sobresalía sobre las demás, Tikal.

Testigo del Cielo, además, contó con la gran política exterior que había desarrollado; es decir, las relaciones favorables con potencias cercanas a Tikal, fue una táctica que a la postre tendría una gran importancia en el desenlace final.

Uneh Chan recupera la "tradición bélica" a gran escala, inaugurada con Testigo del Cielo y se embarcará en una serie de campañas militares, como las que realizó atacando a Palenque, en el 599 y 611.

Calakmul inaugura su época dorada, alrededor del año 600 d. C., según la documentación que existe.

En el siglo VII, parece que la capitalidad del reino de Kaan recaía en Calakmul.

Durante este periodo, quien gobernaba El Naranjo era Aj Wosal y, quizá debido al reciente fallecimiento de Uneh Chan (611 d. C.), se debilitaron las relaciones entre ambos reinos.

Los enfrentamientos entre Naranjo y Caracol habían debilitado a ambos reinos; teniendo en cuenta que una de las últimas guerras entre ambos, habría tenido lugar alrededor del 630, Yuknoom Cabeza aprovechó la situación, para lanzar una ofensiva contra El Naranjo, reino que se había desvinculado del cuchcabal pocos años antes.

B'alaj Chan K'awiil era el hermano menor o medio del rey de la dinastía reinstaurada en Tikal, Nuun Ujol Chaak.

Aprovechando esta coyuntura y antes de que la facción regente en Tikal se hiciese más fuerte, Calakmul declara la guerra a su antiguo enemigo, surgiendo de nuevo la antigua rivalidad entre ambas potencias.

De esta manera, en el año 657 d. C. apoyándose en su superioridad, tuvo lugar una nueva guerra, con tres grandes protagonistas: Tikal, Calakmul y Dos Pilas.

La segunda mitad del siglo VII, se caracteriza por ser un periodo de extrema belicosidad.

Tanto militar, como políticamente, no tenía rival y dominaba un extenso territorio.

Sin embargo, resalta la incapacidad de dominar totalmente a Tikal, su gran enemiga.

Yich'aak K'ahk' mantendrá la política anterior, impuesta por sus predecesores, con una fuerte base diplomática y militar; sin embargo, tuvo que hacer frente a grandes dificultades, que marcarían el final de la capital y, por ende, del Reino de la Serpiente.

Todo este contexto generó uno de los conflictos más importantes entre Tikal y Calakmul, por las consecuencias posteriores.

Esto fue aprovechado, tanto por sus rivales, como por aquellos reinos afiliados en los cuales estaban presentes ideas de secesión.

Aun así, Calakmul realizó un último esfuerzo, intentando mantener sus relaciones con sus antiguos aliados, pero el contexto histórico no le era favorable y la crisis abierta por Tikal generó un conflicto político interno, una guerra civil entre los linajes de poder, que minaban sus intentos por reponerse.

A comienzos del siglo VIII d. C., es nombrado como rey Yuknoom Tok´ K´awiil (702-731 d. C.); dicho monarca será uno de los últimos gobernantes que aparezca representado en estelas de reinos foráneos, como en El Perú y Dos Pilas.

El periodo posterior a este monarca es bastante oscuro, ya que casi no existe información para su estudio.

La primacía de Calakmul se desvanecía por momentos; su decadencia, notable a todos los niveles, marcará estos finales del Clásico Tardío.

Muy pocas son las referencias de tipo político que se conservan para este periodo.

A principios del Clásico Tardío, se produce una reorientación político-religiosa, en la cual la Gran Plaza pierde importancia, tomando el relevo la parte de la ciudad conocida como La Gran Acrópolis, aunque parece que la función religiosa-ceremonial de la Gran Plaza, se conservará hasta el Postclásico y parte del Período Colonial.