Durante su estancia en México se vinculó, en 1943, con la fotógrafa y etnógrafa suiza Gertrude Duby, inmigrante como él, con quien compartía intereses profesionales.

Decidió entonces establecerse en Chiapas a fin de hacer investigaciones sobre la selva lacandona y sus indígenas.

Trudy y él establecieron su residencia en San Cristóbal de las Casas, en donde fundaron una casa-hotel-museo a la que llamaron Na Bolom (La casa del jaguar, en maya tzotzil), desde donde expusieron al mundo la realidad de la etnia lacandona y la grave depredación a la que estaba siendo sujeta esa región selvática.

Este centro cultural de investigación al que dedicó todos sus esfuerzos, sirvió y sirve aún, como una institución para la preservación del patrimonio cultural y étnico de las diferentes etnias mayas que viven en Chiapas.

[2]​ Cuando años más tarde, en 1954, recibió la Medalla al Mérito Ciudadano en Chiapas, Frans Blom dijo que se había vuelto chiapaneco por completo y que si pudiera escoger un lugar para volver a nacer lo haría en esa región mexicana.