Actualmente su obra más reconocida y citada es la referida a las inscripciones del calendario maya.Este relato trataba sobre ciudades perdidas en América Central, y fue uno de los favoritos del joven Morley.Morley hizo aportaciones considerables en la definición de las características del estilo arquitectónico precolombino conocido como Santa Fe.Su misión era colectar evidencias de movimientos progermanos y antiestadounidenses en la región mesoamericana.También debía localizar supuestas bases submarinas secretas de los alemanes, las cuales resultaron ser inexistentes.En contraste, algunos arqueólogos y otros personajes han llamado la atención a la naturaleza ética del trabajo de Morley.Hacia el final de la Primera Guerra Mundial, en 1918, Morley fue invitado como asociado al Instituto Carnegie.Llegó con un plan para excavar y restaurar la antigua ciudad maya de Chichén Itzá.La concesión había sido comprada por Edward Herbert Thompson en 1895 por la suma de 75 dólares estadounidenses.