Dado que los sonidos dobles a menudo se abrevian en textos jeroglíficos, Popo puede representar el nombre original de la ciudad.

Podemos dividir la historia de Toniná en dos períodos, claramente diferenciados, además del correspondiente a su decaimiento y desaparición, como lugar habitado.

Debido a esto, los primeros textos son escasos y solo ofrecen una visión de la historia temprana del sitio.

Un texto del siglo VIII se refiere a un gobernante en el año 217 d. C., aunque solo menciona su título, no su nombre.

o también llamado Cabeza de Reptil y se sabe que para el 514 ya estaba gobernando.

Ahk-Al (Jaguar Pájaro Pecarí) también es conocido como Sotz' Choj Muan está representado en una estela del siglo VI, que lo describe accediendo al trono en el 563.

Su gobierno está marcado por la guerra y la representación frecuente de los cautivos atados en sus monumentos.

Su reinado pudo haber terminado con su derrota y captura por K'inich Kan Balam II de Palenque en septiembre de 687, como se describe en un texto glifico del Templo 17 en la ciudad rival, un evento que probablemente culminó en su sacrificio.

Por ese motivo, es en esta época cuando se produce el mayor número de elementos artísticos y arquitectónicos del lugar, que han llegado hasta nuestros días.

Tres años después, en 711, mientras el Gobernador 4 aún era un niño, Toniná obtuvo una importante victoria sobre Palenque.

La victoria fue tan completa que dio lugar a una brecha de diez años en la historia dinástica de la ciudad derrotada, durante la cual el gobernante capturado pudo haber sido tomado como rehén.

Alrededor de 725 Toniná libró una guerra contra Piedras Negras, una ciudad en la orilla norte del Río Usumacinta, ahora en Guatemala.

Para el reinado del noveno gobernante, Uh Chapat (Luna Ciempiés), Toniná estaba claramente en declive, a él puede ser asociado un friso de estuco en la colina sur de la Estructura D5-5 que muestra a prisioneros con garrotes en sus gargantas y que data del 830, solo un evento en 837 puede ser fechado en su reinado.

El primer relato publicado de las ruinas fue hecho por Fray Jacinto Garrido a fines del siglo XVII, en 1787 Vicente José Solórzano hace mención del sitio, nombrándolo por su nombre en Tseltal "Toniná".

Varios visitantes investigaron las ruinas de Toniná en el siglo XIX, la primera fue una expedición dirigida por Guillaume Dupaix en 1808.

Eduard Seler y Caecilie Seler-Sachs investigaron los monumentos en Toniná, publicando sus informes a finales del siglo XX.

Durante 1944 Eric Thompson y Sylvanus Morley pasaron algunos días en el sitio para estudiar sus monumentos.

El proyecto francés Toniná auspiciadas por la Misión Archeologique Francaise et Ethnologique au Mexique y el Centre National de la Recherche Scientifique, comenzó las excavaciones en 1972, las cuales continuaron hasta 1975 y luego se reanudaron en 1979 hasta 1980, bajo la dirección de Pierre Becqueliny Claude Baudez.

Por otra parte, Toniná presenta una tradición escultórica de rasgos principalmente Mayas, aunque con peculiaridades propias.

La fachada sur del palacio está decorada con cuatro grandes grecas escalonados al estilo Teotihuacano.

En el lado este del palacio, una escalera conduce a un trono de piedra decorado en estuco.

Monumento 7 está tallado en piedra arenisca amarilla y solo ha sufrido daños menores.

Es una base de estelas con jeroglíficos bien conservados en los cuatro lados verticales y fue dedicada por K'inich Ich'aak Chapat en 728.

Se remonta al año 672 d. C. Monumento 26 es escultura de un gobernante erguido, de frente, ataviado con una larga capa con glifos en la parte posterior, porta una ancha faja con un maxtlatl con rostro fantástico y larga banda con cuentas esferoidales y tubulares.

Monumento 28 esta escultura hoy parcialmente destruida originalmente tallada entre 615 y 668 d. C. como un retrato de K'inich Hix Chapaat.

Monumento 99 es un fragmento sin fecha que representa a una mujer cautiva, lo cual es raro en el arte maya.

Monumento 141 es un panel jeroglífico muy bien conservado tallado en piedra caliza blanca de grano fino con casi toda la inscripción intacta.

Sostiene una barra ceremonial con signos lunares, imagen simbólica del cosmos, la cual remata en ambos extremos con cabezas de deidades.

Monumento 166 esta escultura hoy parcialmente destruida originalmente tallada 708-721 d. C. como retrato del Gobernante 4.

El friso una vez estuvo pintado brillantemente en rojo, azul maya, ocre, negro y blanco.