Alemania 2006 sería la tercera presentación del combinado nipón en un torneo mundial, luego de haber tenido dos resultados completamente opuestos: en su debut en 1998, Japón terminó en el penúltimo lugar del torneo pero cuando lo organizó en 2002, llegó hasta octavos de final.
Sin embargo, el Grupo F (compuesto además por Brasil, Australia y Croacia) fue un reto que no pudo superar la escuadra nipona.
Fue derrotada con marcador 3:1 por Australia en los últimos minutos del partido y por el equipo pentacampeón por 4:1.
Japón logró un punto tras un deslucido empate ante los croatas.
Resultado: 3:1 Asistentes: 46 000 Árbitro: Essam Abd El Fatah (Egipcio) Reporte Resultado: 0:0 Asistentes: 41 000 Árbitro: Frank de Bleeckere (Bélgica) Reporte Resultado: 1:4 Asistentes: 65 000 Árbitro: Eric Poulat (Francia) Reporte