Debutó en la selección de Japón en 2002 y representó al país en tres Copas Mundiales.[1] Endō anunció su retiro del fútbol profesional en enero de 2024 a los 43 años.[2] Immediatamente después fue anunciado como nuevo entrenador adjunto del Gamba Osaka.Al año siguiente fue convocado para participar de la Copa Confederaciones 2003 en donde su selección no pudo superar la primera fase.Japón fue eliminada en la primera fase y Endō no pudo siquiera llegar a debutar en el certamen.
