Los aficionados del Flügels contrarios a la absorción crearon un nuevo club de fútbol, el Yokohama FC.

[1]​ En 1992, ANA Yokohama fue confirmado como uno de los diez participantes en la nueva liga profesional japonesa, la J. League.

Para cumplir con las condiciones exigidas, ANA llegó a un acuerdo conjunto de patrocinio con el conglomerado Sato Kogyo y se produjo un cambio de nombre: Yokohama Flügels, basado en la palabra alemana «Flügel» que significa «ala», en referencia a sus orígenes aeronáuticos.

Durante los tres primeros años alternaron la ciudad portuaria con algunos encuentros en las prefecturas de Nagasaki, Kumamoto y Kagoshima, hasta que en 1995 se instalaron definitivamente en el Estadio Mitsuzawa.

En la temporada 1993, los Flügels contrataron a estrellas internacionales en sus últimos años de carrera, entre ellos el paraguayo Raúl Vicente Amarilla y el brasileño Edu Marangon.

Al año siguiente vencería la Recopa de la AFC 1994/95, su primer título internacional, con un triunfo en la final ante el Al-Shaab emiratí por 2:1.

No obstante, acabaría en segundo lugar tras verse superado por Kashima Antlers en la última jornada.

Al mismo tiempo, el equipo ganó los cuatro partidos de liga que le restaban desde el anuncio.

En 1999 comenzó a jugar en la Japan Football League y dos años más tarde fue aceptado en la liga profesional.

[14]​ Para conseguir un sistema profesional viable, la organización desarrolló un plan a largo plazo e impuso nuevas condiciones de participación a los clubes: promover el deporte en su comunidad, crear categorías inferiores, conseguir el apoyo de empresas locales y estar registrados como corporaciones dedicadas en exclusiva al fútbol.