A pesar de ser el máximo nivel del fútbol amateur, la liga cuenta con equipos completamente profesionales que mantienen la afiliación asociada a la J. League entre sus filas.

Hasta entonces, la J. League consistía sólo en una división y la antigua JFL era la segunda categoría más alta.

Los 9 clubes que compitieron en el primer año fueron los siguientes: Denso SC, Honda Motors, Jatco SC, Kokushikan University F.C., Mito HollyHock, Otsuka Pharmaceuticals, Sony Sendai, Yokohama FC y Yokogawa Electric.

Para 2012 hubo 17 conjuntos debido a la retirada tardía de Arte Takasaki.

Tres antiguos clubes de la JFL han competido en la máxima categoría: Yokohama FC (2007), Otsuka Pharmaceuticals (2014, como Tokushima Vortis) y Matsumoto Yamaga (2015).

El campeón asciende directamente y el subcampeón disputa un play-off ante el 19.º de la J3 League.