Los clubes que aspiren a ascender a la J3 League deben obtener un buen resultado en la JFL y cumplir las condiciones de viabilidad exigidas por la J. League para obtener la licencia profesional.

La clasificación final se establece con arreglo a los puntos totales obtenidos por cada equipo al finalizar el campeonato.

Si al finalizar el campeonato dos equipos igualan a puntos, los mecanismos para desempatar la clasificación son los siguientes: Al término de la temporada, el equipo que más puntos obtenga se proclama campeón de la J3 League y es ascendido, junto con el subcampeón, a J2 League.

Desde 2024 también también asciende el ganador de una promoción disputada entre el tercero, cuarto, quinto y sexto clasificados.

Desde la temporada 2024 hay una promoción de descenso con la Japan Football League (JFL), la categoría semiprofesional, que solo se aplica si el equipo que asciende dispone de licencia profesional, ha quedado en las dos primeras posiciones y es aceptado por la J. League.

Están exentos de la norma los países asiáticos que han firmado un convenio de colaboración con la J. League: Birmania, Camboya, Catar, Indonesia, Irán, Malasia, Singapur, Tailandia y Vietnam.